За этими исключениями следователь (при наличии законного повода и основания) самостоятельно и единолично принимает решение о возбуждении уголовного дела, о производстве следственных действий по собиранию доказательств и о вызове лиц для дачи показаний, экспертных заключений и т.д., о задержании подозреваемого, применении предусмотренных УПК мер пресечения и другого принуждения и о привлечении лица в качестве обвиняемого, а по окончании предварительного следствия — о направлении уголовного дела в суд (через прокурора) или о прекращении уголовного дела. При этом если дело прекращается за отсутствием события преступления, отсутствием состава преступления или недоказанностью участия обвиняемого в совершении преступления, т.е. на основании вывода о невиновности обвиняемого, то постановление следователя о прекращении уголовного дела юридически равнозначно оправдательному приговору. Обвиняемый полностью реабилитируется со всеми вытекающими отсюда юридическими и моральными последствиями.

2. По отношению к органу дознания (например, к органам внутренних дел в лице криминальной полиции или полиции общественной безопасности) следователь обладает определенной властью. По расследуемым им делам он вправе давать органам дознания обязательные для исполнения письменные поручения о проведении оперативно-розыскных мероприятий, производстве отдельных следственных действий, об исполнении постановлений о задержании, приводе, аресте, о производстве иных процессуальных действий, а также получать содействие при их осуществлении. Не будь такого правила, следователь-одиночка в целом ряде случаев, прежде всего при расследовании крупных и сложных дел об организованных групповых преступлениях, оказался бы не в состоянии выполнить свои обязанности. Ему, кабинетному работнику, не по плечу, например, производство трудоемких обысков, требующих применения специальных поисковых средств (скажем, металлоискателей, водолазного оборудования). При этом сам следователь не может обеспечить личную безопасность участников подобных следственных действий на случай возможного противодействия, вплоть до вооруженного, тем более что задержание подозреваемых в наше время все чаще приобретает черты боевого столкновения.

3. В случае несогласия с требованиями прокурора об устранении нарушений федерального законодательства, допущенных в ходе предварительного следствия, следователь обязан представить свои письменные возражения руководителю следственного органа, который информирует об этом прокурора (ч. 3 ст. 38 УПК), и только. Сложнее складываются правоотношения, если прокурор, изучив поступившее от следователя уголовное дело с обвинительным заключением, решил возвратить это дело для производства дополнительного следствия, изменения обвинения либо квалификации действий или пересоставления обвинительного заключения (такое право прокурору предоставлено п. 2 ч. 1 ст. 221 УПК), а следователь с таким решением не согласен. Подобные коллизии остры и серьезны: прокурор не может направить в суд следственные материалы, в которые он «не верит», но по которым ему предстоит поддерживать государственное обвинение в суде, а следователь не может поступиться своим убеждением по ключевым вопросам уголовного дела. Согласно п. 5 ч. 2 ст. 38 и ч. 4 ст. 221 УПК постановление прокурора о возвращении уголовного дела по названным основаниям может быть исполнением приостановлено и с согласия руководителя следственного органа, в котором данный следователь состоит на службе, обжаловано вышестоящему прокурору по инстанции, вплоть до Генерального прокурора РФ.