В 1948-51 гг. были созданы научно-исследовательские криминалистические лаборатории Министерства юстиции СССР в Ленинграде, Ростове-на-Дону, Хабаровске, Саратове, Свердловске, Новосибирске, Минске. В 1962 г. на базе Центральной криминалистической лаборатории и Московской областной НИКЛ открылся Центральный НИИ судебных экспертиз. В феврале 1949 г. был учрежден ВНИИ криминалистики Прокуратуры СССР, который обобщал следственную и экспертную практику, занимался совершенствованием научно-технических средств и методов борьбы с преступностью. В 1963 г. его переориентировали на изучение причин и разработку мер предупреждения преступности, а в 1989 г. на решение проблем укрепления законности и правопорядка. Дальнейшее развитие получили экспертные криминалистические учреждения в системе МВД.
Третий этап, начавшийся в 1960-е гг., характерен нарастанием интенсивности развития отечественной криминалистики, особенно в плане формирования ее общей теории. К этому времени наша криминалистика накопила богатый эмпирический материал, послуживший основой для углубленных науковедческих изысканий. Общая теория стала той базой, которая обеспечила рост криминалистики по законам дифференциации и интеграции специальных знаний, содействовала всестороннему исследованию сущности предварительного расследования, оперативно-розыскной, судебной и экспертной деятельности, дальнейшей разработке и совершенствованию средств, методов и приемов борьбы с преступностью. Все направления криминалистической науки, ее частные теории и учения обогащались благодаря обращению к социологии, психологии, прогностике, теории вероятностей, математике, логике, кибернетике, информатике, моделированию, другим передовым направлениям научной мысли.
Поступательное развитие российской криминалистики привело к выделению из нее в качестве самостоятельных отраслей знаний теории оперативно-розыскной деятельности и судебной психологии. Возникли новые направления, связанные с применением в криминалистике положений кибернетики, теории игр, одорологии, теории моделирования. Стали активно исследоваться общие принципы и методики, объекты, специальные средства, развиваться новые виды криминалистических экспертиз, разрабатываться приемы и методы использования специальных познаний самого широкого спектра.
Общая теория криминалистики способствовала дальнейшему развитию учения о планировании расследования и выдвижении криминалистических версий: были уточнены элементы и содержание этого учения, его понятийный аппарат. Объектом изучения стала природа следственных действий. Комплексному анализу подвергался опыт проведения следственного осмотра и эксперимента, предъявления для опознания, допроса, очной ставки, обыска, задержания. В криминалистической тактике начал разрабатываться ряд новых перспективных направлений: учение о следственных ситуациях, криминалистических операциях, тактических комбинациях.
Методика расследования отдельных видов преступлений также углубила и расширила свои основы. Полнее определены ее исходные положения, в том числе предмет, система, принципы и задачи, место в структуре криминалистики. Детально разработаны методики расследования должностных хищений, убийств, изнасилований, разбоев, краж, дорожно-транспортных происшествий и др. Завершается формирование методики расследования преступлений несовершеннолетних, лиц, отбывающих наказание, нераскрытых деликтов прошлых лет и тех, которые совершаются рецидивистами, расследования групповых преступлений и др. Большое внимание уделяется разработке информационных моделей преступлений, алгоритмизации следственной деятельности, компьютеризации методик расследования.
Криминалистическая методика развивается благодаря изучению современных способов совершения преступлений, образующихся при этом следов; разработке систем типовых следственных ситуаций и версий; совершенствованию криминалистического анализа содеянного и личности виновного; обобщению передового опыта раскрытия и расследования преступлений особенно совершаемых организованными группами и сообществами в сфере реформируемой российской экономики: с использованием компьютерной техники, мошенничеств с кредитными картами и векселями, преступных уклонений от уплаты налогов и др.