Органы предварительного следствия и органы дознания, несмотря на общность задач борьбы с контрабандой, независимы и решают их специфическими средствами, исключающими подмену одного другим. На таможенные органы Таможенный кодекс РФ возлагает производство необходимых оперативно-розыскных и иных мероприятий, предусмотренных Уголовно-процессуальным кодексом РФ и Федеральным законом от 12 августа 1995 г. N 144-ФЗ «Об оперативно-розыскной деятельности», для пресечения и обнаружения контрабанды, а также выявления лиц, ее совершивших. Оперативно-розыскные меры отнюдь не единственная форма деятельности таможенных органов. Важное место здесь занимает реализация административной функции, так как ст. 231 и 288 ТК РФ предусмотрена административная ответственность за таможенные правонарушения для юридических лиц при одновременной административной и уголовной ответственности их должностных лиц и иных работников. Уголовная ответственность для физических лиц установлена за контрабанду и иные преступления в сфере таможенного дела. Здесь законодатель применил подход, когда за одно таможенное правонарушение наступает ответственность сразу двух субъектов должностных лиц и иных работников юридического лица и самого юридического лица.

Вследствие этого по одному и тому же таможенному правонарушению ведется два дела: одно уголовное, второе административное.

Уголовное дело вначале расследуют работники отдела дознания таможни или регионального таможенного управления, а затем передают его следователю территориальной или транспортной прокуратуры. Административное о нарушении таможенных правил ведет сотрудник отдела дознания или отдела таможенных расследований, а в результате одни и те же лица проходят свидетелями и по уголовному делу, и по делу о нарушении таможенных правил. Одни и те же объекты фигурируют в качестве вещественных доказательств как по уголовному, так и по административному делу. В итоге аналогичные обстоятельства подлежат доказыванию не только по уголовному делу о контрабанде, но и по делу о нарушении таможенных правил.

Вместе с тем прекращение уголовного дела о контрабанде или ином таможенном преступлении не влечет обязательного прекращения административного дела, ведущегося в отношении юридического лица. Это еще раз подчеркивает необходимость тесного взаимодействия между лицом, производящим дознание или предварительное следствие, с одной стороны, оперативными работниками соответствующих отделов с другой, и лицом, осуществляющим административное расследование, с третьей.

Если сотрудник отдела дознания одновременно с расследованием уголовного дела осуществляет и административное производство, то взаимодействие с оперативно-розыскными отделами будет самым тесным. Это обусловлено тем, что при возбуждении таможенным органом уголовного дела во всех случаях создается оперативно-дознавательная группа, которая производит по нему дознание и административное производство. В большинстве случаев руководитель обеих подгрупп сотрудник отдела дознания, а все включенные в них оперативные сотрудники и работники таможенных органов ему подконтрольны. Но такая форма взаимодействия практикуется только в период дознания по уголовному делу.

По окончании дознания материалы дела направляются следователю. Административное производство о нарушении таможенных правил передается из отдела дознания в отдел таможенных расследований соответствующего таможенного органа, а оперативно-дознавательная группа упраздняется.