Опыт показывает, что чем раньше следователь примет к своему производству дело о контрабанде, досконально изучит его материалы и результаты административного производства, своевременно получая при этом от органа дознания криминалистически значимую информацию, а таможенные органы, в свою очередь, будут иметь возможность знакомиться с фактическими данными и доказательствами, полученными следователем, тем с большим основанием можно говорить, что обе стороны согласовывают свои действия и работают сообща. Если этого нет, то и по уголовному, и по административному делу наблюдается неполнота расследования, а органы предварительного следствия и таможенные органы при анализе и оценке доказательств нередко приходят к диаметрально противоположным выводам.

Только тесное деловое взаимодействие органов предварительного следствия с таможенными органами обеспечивает позитивное положение дел. Для этого следователю, принявшему к своему производству уголовное дело, нужно изучить материалы данного дела и уяснить, содержат ли они доказательства и документы, которыми располагают таможенные органы, и при необходимости востребовать их. Следователь должен изучить практику по делам этой категории, проверить, закончено ли административное производство по делу, и если нет, обязать таможенный орган информировать о ходе расследования, знакомить с новыми материалами и документами.

Изучение следственной практики поможет почерпнуть сведения о наиболее удачных приемах, способах и средствах расследования, определить место и формы участия оперативных работников и специалистов таможенных органов на предварительном следствии. Проверенная форма взаимодействия создание следственно-оперативной группы, в которую включаются сотрудник отдела дознания (желательно проводивший по делу дознание), работники отдела таможенных расследований, сотрудники отдела по борьбе с таможенными правонарушениями и другие работники таможенных и иных правоохранительных органов. Как правило, вещественные доказательства остаются в таможенном органе, а в органы предварительного следствия направляются лишь образцы или пробы контрабандных товаров.

План расследования должен включать перечень следственных действий и оперативно-розыскных мероприятий. При этом необходимо помнить, что каждый из субъектов взаимодействия решает стоящие задачи в рамках своей компетенции присущими силами и средствами: следователь и органы дознания выполняют следственные и розыскные действия, а оперативные и оперативно-технические подразделения агентурно-оперативные и иные мероприятия.

С момента принятия уголовного дела к производству только следователь инициатор и организатор этого взаимодействия. Сообразуясь со сложившейся по делу следственной ситуацией, он определяет формы, способы и другие аспекты взаимодействия. По результатам последнего он вносит коррективы и дополнения в план расследования, принимает решения о производстве дополнительных или повторных следственных действий (обысков, выемок, задержаний, допросов, экспертиз и т.п.), а также проведении оперативно-розыскных мероприятий.

Анализ практики взаимодействия следователей территориальных и транспортных прокуратур с таможенными органами и пограничными контрольно-пропускными пунктами показывает, что наиболее характерны следующие его формы: взаимная информация о фактах контрабанды, новых способах сокрытия товаров от таможенного контроля, примененных преступниками, проведение совместных операций по пресечению преступной деятельности контрабандистов, выполнение поручений и запросов следователя как внутри страны, так и за ее пределами.