Затем производится вторая операция — сортировка получившихся фрагментов по их размерам. ДНК, обработанная ферментом, переносится из каждой пробирки на пластинку, покрытую гелем. Для перемещения фрагментов ДНК через это желеобразное вещество применяется электрофорез — метод, основанный на различии в подвижности частиц под воздействием электрического поля. Маленькие фрагменты перемещаются быстрее, чем крупные. Мини-сателлиты выделяются с помощью специальных «зондов» — сочетаний десяти нуклеидов. «Зонды» радиоактивны, а потому засвечивают светочувствительную пластинку и образуют на ней темные, разные по толщине и положению полосы в соответствии с числом мини-сателлитов, фиксированных в том или ином месте. Расположение этих полосок — электрофореграмма — соответствует порядку, в котором расположены основания в первоначальной цепи ДНК. Общее число различающихся полос на электрофореграмме у двух неродственных между собой людей — не менее 10.
Метод высокочувствителен. Анализ можно произвести на очень малом количестве биологического материала — достаточно капельки крови или стержня одного волоса. Если имеющееся в распоряжении эксперта количество ДНК слишком незначительно, чтобы сразу произвести исследование (например, всего одна волосяная «луковица»), то применяется множительный «аппарат» в виде специальных ферментов, которые «репродуцируют» или амплифицируют (накапливают) ДНК. После амплификации и клонирования становится возможным проведение необходимых генотипоскопических анализов.
У одного и того же человека во всех клетках любых его органов — сердца, легких, печени, крови, мозга, кожи и др. — мини-сателлитные участки ДНК абсолютно одинаковы. Более того, человек со временем стареет; возраст, болезни, жизненные невзгоды могут до неузнаваемости изменить его лицо, фигуру. Однако каждая клетка его организма, начиная с периода внутриутробного развития и даже после смерти, будет сохранять свой неизменный вид индивидуальных компонентов ДНК.
В некоторых случаях электрофореграммы ДНК могут оказаться единственным средством, позволяющим идентифицировать личность. Наследственную информацию в клетках организма ни стереть, ни изменить невозможно.
Однако биологические ткани, находящиеся вне организма, подвержены изменениям, а ДНК — деградации вследствие гнилостных процессов. Поэтому обеспечение правильного хранения биологических объектов имеет для генотипоскопической экспертизы очень важное значение. Такие объекты подлежат консервации в виде сухих пятен, сохраняемых при комнатной температуре. Еще лучше поместить их хотя бы в обычный морозильник, обеспечивающий температуру до — 10°С. Здесь биологические объекты могут храниться весьма продолжительное время.
Первое генотипоскопическое исследование было проведено в России в 1988 г. по делу об убийстве. Позднее генотипоскопический анализ проводился для установления личности военнослужащих, погибших во время боевых действий в Чеченской республике, для идентификации останков членов царской семьи, обнаруженных под Екатеринбургом, и в ряде других случаев.
Наиболее часто отождествление по генетическим признакам используется для установления отцовства и материнства по делам о кражах и подмене детей. Наследуя особенности генофондов отца и матери, ребенок может быть внешне на них совершенно не похож. Однако электрофореграмма всегда выявит генетические заимствования, ибо представляет комбинацию генетических «портретов» родителей. На сегодняшний день это самый надежный способ определения кровного родства.