В федеральном законодательстве также устанавливаются другие виды ООПТ. Так, в ФЗ от 07.05.2001 № 49-ФЗ «О территориях традиционного природопользования коренных малочисленных народов Севера, Сибири и Дальнего Востока Российской Федерации» в качестве особо охраняемой природной территории рассматриваются территории традиционного природопользования коренных малочисленных народов Севера, Сибири и Дальнего Востока Российской Федерации.

В соответствии со ст. 1 названного Закона территории традиционного природопользования коренных малочисленных народов Севера, Сибири и Дальнего Востока Российской Федерации — особо охраняемые территории, образованные для ведения традиционного природопользования и традиционного образа жизни коренными малочисленными народами Севера, Сибири и Дальнего Востока Российской Федерации. Они образуются в целях защиты исконной среды обитания и традиционного образа жизни малочисленных народов; сохранения и развития самобытной культуры малочисленных народов и сохранения на территориях традиционного природопользования биологического разнообразия (ст. 4 ФЗ «О территориях традиционного природопользования коренных малочисленных народов Севера, Сибири и Дальнего Востока Российской Федерации»).

Еще одним видом особо охраняемой природной территории является Байкальская природная территория. В ч. 1 ст. 2 ФЗ от 01.05.1999 № 94-ФЗ «Об охране озера Байкал» устанавливается, что «Байкальская природная территория — территория, в состав которой входят озеро Байкал, водоохранная зона, прилегающая к озеру Байкал, его водосборная площадь в пределах территории Российской Федерации, особо охраняемые природные территории, прилегающие к озеру Байкал, а также прилегающая к озеру Байкал территория шириной до 200 километров на запад и северо-запад от него».

Ранее действовавшие редакции ФЗ «Об особо охраняемых природных территориях» выделяли еще один вид ООПТ — лечебно-оздоровительные местности и курорты. Однако Федеральным законом от 28.12.2013 № 406-ФЗ «О внесении изменений в Федеральный закон «Об особо охраняемых природных территориях» и отдельные законодательные акты Российской Федерации» названные территории были исключены из перечня видов особо охраняемых природных территорий, а раздел VIII «Лечебно-оздоровительные местности и курорты» утратил силу.

Тем же Законом были внесены коррективы в ФЗ от 23.02.1995 № 26-ФЗ «О природных лечебных ресурсах, лечебно-оздоровительных местностях и курортах». В частности, из его преамбулы: «Природные лечебные ресурсы, лечебно-оздоровительные местности и курорты являются национальным достоянием народов Российской Федерации, предназначены для лечения и отдыха населения и относятся соответственно к особо охраняемым природным объектам и территориям, имеющим свои особенности в использовании и защите», — было исключено слово «природным». Следовательно, признается особый охраняемый статус лечебно-оздоровительных местностей и курортов, но в то же время законодатель больше не относит их к природным территориям. Полагаем, что это вполне логично, так как ООПТ функционально отличаются от лечебно-оздоровительных местностей и курортов. Создание первых направлено на охрану окружающей среды, что проявляется в полном или частичном их изъятии из хозяйственного использования, вторые же активно используются и предназначены для лечения и отдыха населения.