Защита экологических прав возможна в административном и судебном порядке. Такого рода механизмы защиты регламентируются Законом РФ от 27.04.1993 № 4866-1 «Об обжаловании в суд действий и решений, нарушающих права и свободы граждан» и Федеральным законом от 02.05.2006 № 59-ФЗ «О порядке рассмотрения обращений граждан Российской Федерации».

Право выбора порядка защиты нарушенных прав принадлежит субъекту, чьи права были нарушены. Обжаловаться могут как действия, так и бездействие органов государственной власти, органов местного самоуправления, предприятий, учреждений и других субъектов.

Административный порядок предполагает подачу письменного обращения в тот государственный орган, орган местного самоуправления или должностному лицу, в компетенцию которого входит решение вопросов, указанных в обращении. Как правило, обращение подается в вышестоящий орган по отношению к тому, чьими действиями или бездействием были нарушены экологические права гражданина. Обращение должно быть рассмотрено в месячный срок.

Судебный порядок предполагает обращение в суд (арбитражный суд). Оно возможно как первоначальный способ защиты нарушенных прав и интересов, так и в случае, если в административном порядке заявитель получил неудовлетворяющие его результаты. В судебном порядке могут быть защищены экологические права и интересы граждан; обжалованы действия или бездействие органов государственной власти, органов местного самоуправления, должностных лиц и общественных объединений. Также граждане и организации обладают правом на предъявления иска о возмещении вреда, причиненного им другими субъектами права, в том числе государственными органами и органами местного самоуправления.

При обращении в суд, арбитражный суд, а также Конституционный Суд РФ в соответствии с ч. 1 ст. 48 Конституции РФ каждый имеет право на получение квалифицированной юридической помощи.

Особое место в судебной системе занимает Конституционный Суд РФ. В соответствии со ст. 3 Федерального конституционного закона от 21.07.1994 № 1-ФКЗ «О Конституционном Суде Российской Федерации» в плане защиты экологических прав граждан Конституционный Суд РФ обладает следующими полномочиями:

1) по запросу уполномоченных субъектов (Президента РФ, Совета Федерации, Государственной Думы РФ, одной пятой членов Совета Федерации, одной пятой депутатов Государственной Думы, Правительства РФ, Верховного Суда РФ, высших органов законодательной и исполнительной власти субъектов РФ) проверяет соответствие Конституции РФ нормативно-правовых актов в сфере природопользования и охраны окружающей среды;

2) по запросам судов проверяет конституционность закона, подлежащего применению соответствующим судом в конкретном деле;

3) по жалобам на нарушение конституционных экологических прав и свобод граждан проверяет конституционность закона, примененного в конкретном деле. Жалоба может быть индивидуальной или коллективной и исходить от граждан или их объединений.

Акты или их отдельные положения, признанные Конституционным Судом РФ неконституционными, утрачивают силу, а решение, ранее вынесенное государственным органом или судом на основании отмененных норм права, подлежит пересмотру.