Министерству природных ресурсов и экологии РФ подведомственны две федеральные службы (Федеральная служба по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды и Федеральная служба по надзору в сфере природопользования) и три федеральных агентства (Федеральное агентство водных ресурсов, Федеральное агентство по недропользованию и Федеральное агентство лесного хозяйства).

В соответствии с Постановлением Правительства РФ от 23.07.2004 № 372 «О Федеральной службе по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды» Росгидромет осуществляет функции по управлению государственным имуществом и оказанию государственных услуг в области гидрометеорологии и смежных с ней областях, мониторинга состояния и загрязнения окружающей среды, государственному надзору за проведением работ по активному воздействию на метеорологические и другие геофизические процессы.

В соответствии с Постановлением Правительства РФ от 30.07.2004 № 400 «Об утверждении Положения о Федеральной службе по надзору в сфере природопользования и внесении изменений в Постановление Правительства Российской Федерации от 22 июля 2004 г. № 370» Росприроднадзор осуществляет функции по контролю и надзору в сфере природопользования, а также в пределах своей компетенции в области охраны окружающей среды, в том числе в части, касающейся ограничения негативного техногенного воздействия, в области обращения с отходами (за исключением радиоактивных отходов) и государственной экологической экспертизы.

В соответствии с Постановлением Правительства РФ от 16.06.2004 № 282 «Об утверждении Положения о Федеральном агентстве водных ресурсов» Росводресурсы осуществляют функции по оказанию государственных услуг и управлению федеральным имуществом в сфере водных ресурсов.

В соответствии с Положением о Федеральном агентстве лесного хозяйства, утвержденным Постановлением Правительства РФ от 23.09.2010 № 736, Рослесхоз осуществляет функции по контролю и надзору в области лесных отношений (за исключением лесов, расположенных на особо охраняемых природных территориях), а также по оказанию государственных услуг и управлению государственным имуществом в области лесных отношений.

Наконец, в соответствии с Постановлением Правительства РФ от 17.06.2004 № 293 «Об утверждении Положения о Федеральном агентстве по недропользованию» Роснедра осуществляют функции по оказанию государственных услуг и управлению государственным имуществом в сфере недропользования.

Органом специальной компетенции в сфере управления природопользованием и охраной окружающей среды является Министерство сельского хозяйства РФ. В Постановлении Правительства РФ от 12.06.2008 № 450 «О Министерстве сельского хозяйства Российской Федерации» закрепляются его функции (выработка государственной политики и нормативно-правовое регулирование в сфере агропромышленного комплекса, включая животноводство, растениеводство, карантин растений, мелиорацию земель, плодородие почв, безопасное обращение с пестицидами и агрохимикатами; в сфере рыбного хозяйства и рыбоводства; в сфере земельных отношений (в части, касающейся земель сельскохозяйственного назначения), по их государственному мониторингу и др.).

В ведении Министерства сельского хозяйства РФ находятся Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору и Федеральное агентство по рыболовству.