Генеральный штаб Вооруженных Сил РФ является центральным органом военного управления и основным органом оперативного управления Вооруженными Силами РФ, осуществляющим координацию деятельности органов и войск Федеральной пограничной службы РФ, внутренних войск МВД России, железнодорожных войск РФ, войск гражданской обороны, инженерно технических и дорожно строительных воинских формирований, Службы внешней разведки, органов Федеральной службы безопасности, федеральных органов государственной охраны, федерального органа обеспечения мобилизационной подготовки органов государственной власти по выполнению задач в области обороны. Генеральный штаб состоит из главных управлений, управлений и иных структурных подразделений.

Основными задачами и функциями Генерального штаба являются: стратегическое планирование применения Вооруженных Сил, других войск, воинских формирований и органов с учетом их задач и военно административного деления страны; оперативная и мобилизационная подготовка Вооруженных Сил, координация оперативной и мобилизационной подготовки других войск, воинских формирований и органов, а также контроль за состоянием мобилизационной готовности; проведение мероприятий, связанных с поддержанием боевой и мобилизационной готовности Вооруженных Сил, и перевод их на организацию и состав военного времени, организация стратегического и мобилизационного развертывания Вооруженных Сил, других войск, воинских формирований и органов; координация деятельности по проведению мероприятий по воинскому учету, подготовке граждан России к военной службе и их призыву на военную службу и военные сборы; разведывательная деятельность в целях обороны и безопасности; организация службы войск, осуществление контроля за их состоянием; разработка и координация планов строительства и развития Вооруженных Сил, а также мобилизационного и стратегического их развертывания и ряд других функций.

Военный округ Вооруженных Сил РФ основная военно административная единица является общевойсковым оперативно стратегическим территориальным объединением Вооруженных Сил РФ и предназначен для осуществления мер по подготовке к вооруженной защите и для вооруженной защиты РФ, целостности и неприкосновенности ее территории в установленных границах ответственности, которые устанавливаются Генеральным штабом Вооруженных Сил.

Управление военным округом осуществляет командующий войсками военного округа, который назначается на должность и освобождается от должности Президентом РФ по представлению Министра обороны РФ. Командующий войсками военного округа является прямым начальником всего личного состава военного округа и несет ответственность за боевую и мобилизационную подготовку, состояние, подготовку и всестороннее обеспечение войск военного округа, выполнение оперативных (боевых) и иных задач, возложенных на военный округ, а также за готовность объединений, соединений и воинских частей Вооруженных Сил, других войск, воинских формирований и органов, дислоцированных на территории военного округа, к выполнению задач в области обороны.

В состав Вооруженных Сил РФ входят также военные комиссариаты, которые являются территориальными органами Министерства обороны РФ в республиках, краях, областях, городах и районах. Руководство деятельностью военных комиссариатов осуществляется Генеральным штабом через командующих войсками соответствующих военных округов. Руководство военным комиссариатом возлагается на военного комиссара.