Для решения стоящих перед ними задач пограничные органы и пограничные войска наделены полномочиями, которые позволяют им находиться на любых участках местности и передвигаться по ним при исполнении служебных обязанностей; осуществлять задержание и личный досмотр лиц, нарушающих режим государственной границы, пограничного режима, режима в пунктах пропуска через границу, доставление их в расположение подразделений, частей пограничных органов и пограничных войск для выяснения обстоятельств нарушения, останавливать, осматривать и задерживать пограничными кораблями российские и иностранные суда, допустившие нарушение указанных режимов, и доставлять (конвоировать) их в ближайший российский порт для выяснения обстоятельств нарушения; осуществлять административное задержание лиц, совершивших нарушение установленных режимов.
Им предоставлено право входить в любое время суток в жилые и иные помещения граждан, на территории и в помещения предприятий, учреждений, организаций и осматривать их при преследовании лиц, в отношении которых имеются достаточные основания подозревать их в нарушении режима государственной границы; запрашивать и получать от государственных органов, предприятий, учреждений, организаций информацию, необходимую для выполнения своих задач и обязанностей; вносить в государственные органы, предприятия, учреждения и организации представления об устранении причин и условий, способствующих совершению правонарушений, производство по делам о которых отнесено к их компетенции; применять оружие, боевую технику, специальные средства в случаях нарушения режима государственной границы и т.д.
В системе ФСБ России имеются пограничные представители, которые назначаются на определенные участки Государственной границы РФ в соответствии с международными договорами. Основное назначение пограничных представителей заключается в осуществлении контроля за соблюдением режима Государственной границы РФ, принятии мер для недопущения нарушений порядка ее содержания, пересечения лицами и транспортными средствами, перемещении через нее грузов, товаров и животных, ведения на ней хозяйственной, промысловой и иной деятельности, для обеспечения выполнения международных договоров о Государственной границе РФ и ее режиме.
На пограничных представителей возложена разработка и осуществление мер по предупреждению и урегулированию пограничных инцидентов, а также проведение в одностороннем порядке или совместно с пограничными представителями сопредельных с РФ государств расследования пограничных инцидентов.
Охрана государственной границы в воздушном пространстве осуществляется войсками противовоздушной обороны. Их основными задачами являются: осуществление контроля за соблюдением правил пересечения границы; пресечение полетов и принятие мер к посадке на территории РФ воздушных судов, незаконно ее пересекших или нарушивших порядок пользования воздушного пространства РФ и др.
Они имеют право в необходимых случаях привлекать силы и средства других видов Вооруженных Сил, государственных органов для выяснения обстановки в воздушном пространстве и принятия мер по предупреждению или прекращению незаконного пересечения государственной границы в воздушном пространстве; полностью запрещать или ограничивать полеты воздушных судов в отдельных районах воздушного пространства РФ при возникновении угрозы незаконного пересечения или незаконном пересечении границы в воздушном пространстве и др.