осуществляет взимание таможенных пошлин, налогов, антидемпинговых, специальных и компенсационных пошлин, предварительных антидемпинговых, предварительных специальных и предварительных компенсационных пошлин, таможенных сборов, контролирует правильность исчисления и своевременность уплаты указанных пошлин, налогов и сборов, принимает меры по их принудительному взысканию или возврату;

обеспечивает соблюдение установленных в соответствии с законодательством Российской Федерации о государственном регулировании внешнеторговой деятельности и международными договорами Российской Федерации запретов и ограничений в отношении товаров, перемещаемых через таможенную границу Российской Федерации;

осуществляет обеспечение единообразного применения таможенными органами таможенного законодательства Российской Федерации;

осуществляет таможенное оформление и таможенный контроль;

осуществляет в установленном порядке принятие решений о классификации товаров в соответствии с единой Товарной номенклатурой внешнеэкономической деятельности Таможенного союза, обеспечивает опубликование таких решений;

обеспечивает в пределах своей компетенции защиту прав интеллектуальной собственности;

принимает в установленном порядке предварительные решения о классификации товара в соответствии с Товарной номенклатурой внешнеэкономической деятельности, о происхождении товара из конкретной страны (стране происхождения товара);

ведет реестры лиц, осуществляющих деятельность в области таможенного дела;

ведет реестр банков и иных кредитных организаций, обладающих правом выдачи банковских гарантий уплаты таможенных платежей;

ведет таможенный реестр объектов интеллектуальной собственности;

выдает квалификационные аттестаты специалистам по таможенному оформлению;

осуществляет аннулирование квалификационных аттестатов специалистов по таможенному оформлению;

выдает лицензии на учреждение свободного склада и т.д.

Оперативные таможни являются специализированными таможенными органами, входящими в единую федеральную централизованную систему таможенных органов Российской Федерации и обеспечивающими реализацию специальных функций ФТС России в регионе деятельности по борьбе с контрабандой, иными преступлениями и административными правонарушениями. Регионом деятельности оперативной таможни является регион деятельности регионального таможенного управления. Оперативная таможня осуществляет свою деятельность под общим руководством ФТС России и непосредственным руководством регионального таможенного управления. Методическое руководство деятельностью оперативной таможни в части организации, координации и осуществления оперативно розыскной деятельности осуществляет Главное управление по борьбе с контрабандой (ГУБК) ФТС России, в части организации, координации и осуществления административных расследований, дознания, учетно регистрационной и криминалистической деятельности Управление таможенных расследований и дознания (УТРД) ФТС России. Оперативная таможня является правоохранительным органом Российской Федерации и вышестоящим таможенным органом в регионе своей деятельности по организации и осуществлению таможенными органами борьбы с преступлениями и административными правонарушениями, отнесенными законодательством Российской Федерации к компетенции таможенных органов, в том числе оперативно розыскной деятельности, дознания, а также возбуждения дел об административных правонарушениях, проведения по ним административного расследования и их рассмотрения. Оперативную таможню возглавляет начальник, назначаемый на должность и освобождаемый от должности руководителем ФТС России.

Акцизные таможни являются специализированными таможенными органами, входящими в единую федеральную централизованную систему таможенных органов Российской Федерации и обеспечивающими реализацию специальных функций ФТС России в регионе деятельности по таможенному контролю и таможенному оформлению подакцизных товаров и других товаров, определенных нормативными актами ФТС России и правовыми актами регионального таможенного управления, перемещаемых через таможенную границу Российской Федерации. Регионом деятельности оперативной таможни является регион деятельности регионального таможенного управления. Оперативная таможня осуществляет свою деятельность под общим руководством ФТС России и непосредственным руководством регионального таможенного управления. Акцизную таможню возглавляет начальник, назначаемый на должность и освобождаемый от должности руководителем ФТС России.