Основными функциями Контрольного управления являются:

организация и проведение проверок и иных мероприятий по контролю;

рассмотрение докладов об исполнении поручений Президента РФ и подготовка предложений о снятии с контроля или продлении сроков исполнения этих поручений;

осуществление контроля деятельности самостоятельных подразделений Администрации Президента РФ по поручению Президента РФ или Руководителя Администрации Президента РФ;

осуществление по поручению Руководителя Администрации Президента РФ контроля за исполнением сметы Администрации Президента РФ;

осуществление по поручению Руководителя Администрации Президента РФ координации деятельности по вопросам контроля полномочных представителей Президента РФ в федеральных округах и самостоятельных подразделений Администрации Президента РФ, а также осуществление методического руководства этой деятельностью;

участие в предупреждении и устранении выявленных нарушений;

участие в подготовке материалов для ежегодных посланий Президента РФ Федеральному Собранию РФ;

изучение опыта работы контролирующих органов зарубежных стран.

Управление для осуществления своих задач и функций имеет право: создавать комиссии с привлечением в установленном порядке работников аппаратов полномочных представителей Президента РФ в федеральных округах, работников федеральных органов исполнительной власти и органов исполнительной власти субъектов Федерации, сотрудников правоохранительных и контролирующих органов; направлять работников Управления на заседания Правительства РФ, коллегий федеральных органов исполнительной власти, а также на совещания по вопросам контроля, проводимые федеральными органами исполнительной власти и органами исполнительной власти субъектов РФ; вносить в установленном порядке предложения Президенту РФ, в Правительство РФ, руководителям федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов РФ о привлечении к дисциплинарной ответственности государственных служащих за неисполнение или ненадлежащее исполнение федеральных законов, указов, распоряжений и иных решений Президента РФ, а также о временном отстранении государственных служащих, допустивших должностной проступок, от исполнения должностных обязанностей; вызывать должностных лиц для дачи устных и письменных объяснений по поводу неисполнения или ненадлежащего исполнения федеральных законов (в части, касающейся полномочий Президента РФ, в том числе по обеспечению прав и свобод человека и гражданина), указов, распоряжений и иных решений Президента РФ; направлять в органы прокуратуры РФ, органы внутренних дел РФ, органы федеральной службы безопасности и иные государственные органы материалы о выявленных в результате проверок нарушениях; запрашивать и получать в установленном порядке необходимые материалы от самостоятельных подразделений Администрации Президента РФ, от федеральных органов государственной власти, органов государственной власти субъектов Федерации, органов местного самоуправления, а также от организаций и должностных лиц; пользоваться банками данных Администрации Президента РФ и федеральных органов исполнительной власти; привлекать для осуществления отдельных работ ученых и специалистов, в том числе на договорной основе.

Контрольное управление работает в тесном контакте с Правительством, Советом Безопасности, Федеральным Собранием, самостоятельными подразделениями Администрации Президента и его полномочными представителями в федеральных округах, руководителями федеральных органов исполнительной власти и органов исполнительной власти субъектов Федерации, федеральными и региональными органами контроля и надзора. Мнение федеральных органов власти, а также органов, осуществляющих контрольные и надзорные функции, учитывается при подготовке плана контрольных проверок.