Контроль Правительства РФ за деятельностью органов исполнительной власти обусловлен прежде всего Конституцией РФ. Предоставленные Правительству РФ конституционные полномочия предполагают осуществление контроля за исполнением законодательства в области федерального бюджета; проведение единой финансовой, кредитной и денежной политики, единой государственной политики в области культуры, науки, образования и др.; осуществление мер по обеспечению обороны страны, государственной безопасности, реализации внешней политики и т.д. Правительство РФ осуществляет контроль и за органами исполнительной власти субъектов Федерации. Например, в соответствии со ст. 44 Федерального конституционного закона «О Правительстве Российской Федерации» Правительство РФ осуществляет контроль за деятельностью органов исполнительной власти субъектов РФ по вопросам, отнесенным к ведению Российской Федерации и полномочиям Российской Федерации по предметам совместного ведения Российской Федерации и субъектов РФ. Кроме того, Правительство Российской Федерации обеспечивает соблюдение федеральными органами исполнительной власти прав органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, способствует взаимодействию указанных органов. Правительство Российской Федерации в пределах своих полномочий разрешает споры и устраняет разногласия между федеральными органами исполнительной власти и органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации. Для разрешения споров и устранения разногласий создаются согласительные комиссии из представителей заинтересованных сторон.

Ведомственный контроль осуществляется внутри той или иной отрасли в отношении подчиненных органов и организаций всеми федеральными органами исполнительной власти отраслевой, межотраслевой и специальной компетенции. В структуре федеральных органов исполнительной власти, как правило, имеются специальные контрольно ревизионные подразделения. Однако ведомственными контрольными полномочиями наделены и многие иные функциональные подразделения федеральных органов исполнительной власти (департаменты, службы, главные управления, управления). Ведомственные контрольные проверки осуществляются в отношении органов, организаций и их должностных лиц как на федеральном уровне, так и в субъектах РФ. Безусловно, в субъектах РФ ведомственный контроль осуществляется и органами исполнительной власти отраслевой и межотраслевой компетенции самих субъектов РФ.

Надведомственный контроль осуществляется в отношении не находящихся к ним в ведомственной подчиненности органов и организаций со стороны органов межотраслевой компетенции и некоторых органов отраслевой компетенции, наделенных соответствующими контрольными полномочиями. К федеральным органам исполнительной власти, наделенным подобными надведомственными контрольными полномочиями, относятся Федеральная антимонопольная служба, Федеральная служба РФ по контролю за оборотом наркотиков, Федеральная служба по финансовым рынкам, а также многие федеральные службы и некоторые иные структурные подразделения, подведомственные Министерству внутренних дел РФ, Министерству природных ресурсов и экологии РФ, Министерству промышленности и торговли РФ, Министерству сельского хозяйства РФ, Министерству транспорта РФ, Министерству финансов РФ, Министерству юстиции РФ и др. Надведомственные контрольные проверки федеральными органами исполнительной власти также осуществляются как на федеральном уровне, так и в субъектах РФ. В субъектах РФ имеются и свои органы исполнительной власти, наделенные надведомственными контрольными полномочиями.

Надведомственные органы производят проверки, обследования деятельности органов, предприятий и учреждений по вопросам, относящимся к их компетенции. Они вправе давать проверяемым объектам обязательные указания об устранении обнаруженных в процессе контроля нарушений.