Во втором уровне государственного управления сосредоточены силы и средства для решения менее важных задач государственной жизни, но постоянный характер последних, по общим данным управленческой (административной) науки, требует и постоянных усилий по их решению, в связи с чем на данном уровне образуется целая система органов государственного управления. Как гласила ст. 81 Осн. гос. зак. Т. I Св. зак. изд. 1892 г., «предметы управления подчиненного, образ его действия, степень и пределы власти, оному вверяемой, во всех вообще установлениях, как высших государственных, так и низших, им подведомых, определяются подробно в Учреждениях и уставах сих установлений». После 1906 г. в данной двухуровневой системе общего государственного управления произошли изменения, связанные только с появлением новых органов государственной власти.
Первое и самое главное — возник коллегиальный орган, координирующий деятельность учреждений государственного управления, что фактически может быть расценено как появление формального правительства (до 1906 г. de iure и de facto в России отсутствовало правительство в том понимании слова, которое вкладывают в него сегодня); второе, что также отразилось на системе соподчиненности областей административного управления управлению верховному, — появилось народное представительство, получившее в силу своей финансовой прерогативы право оказывать влияние на всю систему государственного управления в целом. Вместе с тем положение старой редакции ст. 80 Осн. гос. зак. вошло без изменений в ст. 10 Осн. гос. зак. 1906 г.; редакция ст. 81 старых Осн. гос. зак. была упразднена, вместо нее, можно предположить, вводилась ст. 18, устанавливающая право Императора регулировать прохождение службы чиновниками, а равно гл. II. Св. осн. гос. зак. Т. I Св. зак. изд. 1906 г., вводившая легальное определение «высшее государственное управление» и учреждавшая Совет Министров в качестве высшего правительственного органа. Наконец, в 1906 г. были кодифицированы положения прежней редакции ст. 47 Осн. гос. зак. и некоторых общих норм, регулировавших деятельность министерств и ведомств (ст. ст. 158 и 31 Уч. мин. Т. I Св. зак. изд. 1892 г.), прежде всего МВД, в результате чего в России на основании ст. 87 Св. осн. гос. зак. Т. I Св. зак. изд. 1906 г. появился особый институт чрезвычайно-указного права (№othverord№u№grecht), одним из важнейших образцов которого послужили аналогичные постановления германского и австрийского законодательства. Согласно положениям ст. 87 Св. осн. гос. зак. во время прекращения заседаний Госдумы в случае острой необходимости Император, по согласованию с Совмином, издавал необходимый указ, с тем только ограничением, что он не мог вносить изменений ни в Основные государственные законы, ни в Учреждения Государственного Совета или Государственной Думы, ни в постановления о выборах в указанные Совет и Думу.
Необходимо отметить, что знаменитые события, происшедшие 3 июня 1907 г., когда был в обход Думы принят новый государственный закон, действительно формально шли вразрез с постановлениями ст. 87. Данный факт в работах юристов либерального образа мысли того времени был расценен как нарушение конституции и прямой государственный переворот. Нам представляется, что Государь в данной ситуации действовал скорее не в порядке ст. 87, поскольку действительно ex i№iuria №o№ oritur ius, а в порядке ст. 4 Осн. гос. зак. от 23 апреля 1906 г., в порядке реализации верховной самодержавной власти своего полномочия гаранта, ибо затягивание разрешения сильнейшего государственного кризиса, в котором деятельное участие приняли депутаты I и II Государственной Думы, грозило Империи в конечном счете гибелью. Именно такова была главная идея, средостение монаршей воли, выраженной в Манифесте от 3 июня 1907 г. Как совершенно верно писал С.С. Ольденбург: