Последующее время показало, что наиболее удачным способом освоения южных земель является устройство засечных линий — строительство линий крепостей, опираясь на которые стали возможны колонизация степей и захват целых «царств». Хронология здесь следующая: в 1554 г. взята Казань, в 1557 г. — Астрахань, в 1582 г. — Сибирское ханство, в 1586 г. — Башкирия. Еще в 1549 г. власть Москвы признает Донское казачество. Все территории, которые Москва включала в свой состав, именно включались в нее, т.е. инкорпорировались (i№corporatio), — становились единой и неделимой частью государственной территории. Сувереном был великий князь Московский, что наглядно отражалось в его титуле.
С 1521 г. начинается кровавая борьба с крымскими татарами, в ходе которой выстраиваются оборонительные линии, позволяющие распространять русское владычество на черноземные земли юга. Начав движение с водораздела Оки в середине XVI в., русские смогли к середине следующего века продвинуться к среднему течению Дона, Оскола и Донца, где опорными пунктами стали такие крепости, как Курск, Орел, Воронеж и Белгород. С 1636 г. последовательно возникают еще три новые оборонительные линии: Белгородская, Симбирская и Закамская. Бахчисарайский договор 1681 г. под суверенитет Москвы отдает запорожские земли. Делимитация границы с Турцией и Крымом в степях юга России проводится в 1700 г. (подтверждено межевой записью 1705 г.).
Ливонская война, как известно, не привела к желаемому для России результату. Смутное же время заставило потерять Ижору (Ингерманландию), которая по Столбовскому договору 1617 г. отошла Швеции. В следующем 1618 г. Польша по Деулинскому перемирию закрепила за собой то, что успела награбить за время Смуты: Смоленск и часть северских земель, которые оставались под суверенитетом Речи Посполитой вплоть до 1667 г. Андрусовское перемирие того же 1667 г. восстановило справедливость, однако окончательно Смоленск вместе с Киевом были закреплены за Москвой только в 1686 г. Надо заметить, что помимо досадных территориальных потерь, сам факт которых доказывает лишний раз правоту тезиса Н.М. Карамзина, приведенного нами выше. Смута вместе с тем стала моментом истины в отношении судьбы России как геополитического целого. Россия смогла сама, собственными силами изгнать воров-самозванцев, взращенных Западом, найти в себе силы для дальнейшего национального строительства. Эпоха Смутного времени, как верно когда-то заметил М.Ф. Владимирский-Буданов, подтвердила устами народа и его руками то, что московские князья вершили от имени русского народа столетия до того — единство и единодержавие!
В 1657 г. несколько калмыцких орд «поддались под руку», как тогда говорили, Москвы. Это было началом вхождения калмыков в состав России, закончившегося только в конце XVIII в. В Восточной Сибири и на Дальнем Востоке Россия, не располагавшая еще достаточными силами, чтобы противостоять маньчжурам, укрепившимся в это время в Китае, вынуждена была заключить в 1689 г. крайне невыгодный для себя Нерчинский договор. По договору Москва отказывалась от хозяйственного освоения Приамурья, русским воспрещалось плавание по Амуру. Вместе с тем в 1648 г. Семен Дежнев со своими казаками впервые прошел пролив, отделявший Азию от Америки. Приоритет русских в этом географическом открытии был доказан, кстати, небезызвестным Г.Ф. Миллером. Весь путь от Урала до Великого океана у русских первопроходцев занял, таким образом, меньше столетия.