В дальнейшем место Сената в посреднической роли и собственной указной практике заступили другие органы высочайшей власти, которые учреждались непосредственно под председательством Императора (вплоть до 1917 г. Председателем Сената числился Император) и по форме и на деле восполняли пробел между органами центрального управления (коллегиями-министерствами) и Императором. Однако эти органы не смогли приобрести необходимого постоянства своей структуры и компетенции, в связи с чем Указом от 12 декабря 1741 г. «О восстановлении власти Сената в правлении внутренних государственных дел» Сенат вновь получает всю полноту правительственной власти. По замечанию А.Д. Градовского, из его ведения изъяли только дела по внешним сношениям. Дополнительным средством усиления власти Сената было еще и то, что вышло несколько указов (ПСЗРИ. 1-е изд. Т. XI. № 8480, 8575), подтверждавших действие прежних законоположений Петра Великого, воспрещавших подачу челобитных на высочайшее имя, минуя Сенат. В эту же эпоху, как отмечал А.Д. Градовский, Сенат получает совершенно новые области компетенции: финансово-хозяйственную и территориальную. В первом случае он распоряжался насчет мер к поощрению развития промышленности России, а равно регулировал ее внешнюю торговлю, активно предоставляя откупа по винной и соляной регалиям; в области территориального управления Сенат прямо вмешивается в управление инородцами, активно регулирует колонизационную политику на тогдашних окраинах Империи. Обращает на себя внимание еще и то, что военные дела в это время также решались Сенатом.
В правление императора Петра III из ведения Сената изъемлются дела по Военной и Адмиралтейств-коллегии. В правление Екатерины II должность и роль Сената подвергается еще большему ограничению. Отчасти падение значения Сената можно объяснить реформой децентрализации управления страной, предпринятой Императрицей. Децентрализация сказывается на структуре Сената — в общем виде он получает ту систему департаментов, которая в последующем только меняется численно. С функциональной точки зрения Сенат, разделившись на департаменты, передает многие свои полномочия на места — в губернские правления, некоторые из них переходят на усмотрение самого монарха. Центр власти, таким образом, перемещается со среднего уровня (который всегда являлся местом правительства) на высший уровень. Во многом такая ситуация может быть понята как усиление абсолютизма, а не как бюрократическая централизация. На верхнем уровне, уровне самого монарха, одновременно с этим вновь восстанавливается прежний характер координации деятельности тех органов центрального управления, включая и сам Сенат, которые просуществовали вплоть до нового царствования. При Павле I должность Сената подвергается еще большему умалению, а в царствование потомков этого императора Сенат окончательно становится высшей кассационной инстанцией Империи, сохраняя за собой лишь некоторые административно-хозяйственные функции.
Первоначальная структура Сената была достаточно простой — общее присутствие в составе нескольких доверенных лиц Императора; с Указом от 27 марта 1711 г. при Сенате учреждается канцелярия, а с учреждением коллегий президенты их по должности входят в последний. Указом от 12 января 1721 г. при Сенате учреждается должность рекетмейстера; в феврале того же года ему дается общая инструкция. В 1713 г. Сенат переехал из Москвы в Петербург, где и оставался вплоть до своего упразднения в 1917 г. Только спустя девять лет после переезда в Петербург в Москве по Указу от 19 января 1722 г. создается Сенатская контора, ведавшая делами московских отделений коллегий, причем наиболее важные дела полагалось посылать в новую северную столицу. Окончательно система главных подразделений Сената при Петре устанавливается Указом от 27 апреля 1722 г., в том же году издается Указ о должности генерал-прокурора Сената (ПСЗРИ. 1-е изд. Т. VI. № 3978 и 3979). Последняя должность с самого начала аккумулировала в своих руках огромную власть, впоследствии, по мнению А.Д. Градовского, позволившую ей превратиться в фактического премьер-министра в царствование императриц Елизаветы и Екатерины II. Единственный перерыв в функционировании этого должностного лица наблюдался в краткий период господства ВТС. Последним новшеством в структуре Сената в правление Петра I явилось назначение Указом от 18 января 1722 г. герольдмейстера (Указом от 5 февраля 1722 г. ему дана инструкция). По общей своей должности герольдмейстер наследовал дела прежнего Разрядного приказа.