Заседания Думы проходили регулярно, три раза в неделю. Время заседаний не было ограничено (длилось весь световой день). С увеличением дел, подведомственных Боярской Думе, стройный график заседаний был нарушен. С 1669 г., по замечанию В.О. Ключевского, по понедельникам в Думу вносились дела из Посольского и Разрядного приказов; по вторникам — из приказов Большой казны и Большого прихода; по средам — из Казанского дворца и Поместного приказа; по четвергам — из приказов Большого дворца и Сибирского; по пятницам — из Московского и Владимирского судных приказов. Суббота и воскресенье были выходными днями, «а в воскресный день никого не судить, и в приказех не сидеть, и никаких дел не делать, опричь самых нужных государственных дел» (ст. 25 гл. X Соб. ул.).

Порядок рассмотрения дел был определен самыми общими процессуальными правилами обычного характера. Прежде всего определялся характер рассадки членов Думы. Котошихин сообщает, что возле царя рассаживались бояре, «кто кого породою ниже, а не тем, кто выше и преж в чину; околничие под боярами против того ж под околничими думные дворяне потому ж по породе своей, а не по службе, а думные дьяки стоят, а иным временем царь велит им сидеть; и о чем лучится мыслити, мыслят с царем, яко обычай и инде в государствах» (Котошихин. 1906. С. 24).

Председательствовал в Думе царь, в его отсутствие — патриарх или так называемый первосоветник (наиболее доверенный боярин). Часто при отлучке царь назначал вместо себя заместителя, например, в 1547 и 1548 гг. им был князь Владимир Старицкий. Обыкновенно царь открывал совещание, оглашая вопрос, после чего приглашал бояр высказываться: «А лучится царю мысль свою о чем объявити, и он им, объявя, приказывает, чтоб они, бояре и думные люди, помысля, к тому делу дали способ» (Там же). Чаще всего инициаторами возбуждения вопроса в Думе были приказы. Приказ составлял судейскую выписку, или доклад, по делу, которое вести самостоятельно он был не вправе. В том случае доклад по делу шел на усмотрение царя и Думы. Нередко инициатива возбуждения дела принадлежала частным лицам, поскольку Дума занималась рассмотрением челобитий частных лиц. Такая инициатива оформлялась в виде подписной грамоты. Если дело, просимое по челобитной, получало положительное решение и дальнейшее движение, то дьяки, носившие челобитную к докладу, записывали на ней суть состоявшегося решения и подписывались, после чего она становилась подписной челобитной или грамотой. Нечто подобное существует в современных российских учреждениях, когда бумага получает «резолюцию» начальствующего лица.

Постоянного протокола прений Думы не велось. Решение записывалось дьяками сразу же после того, как оно состоялось. Процесс принятия решений знал стадию предварительного рассмотрения вопроса, так сказать, преюдициально. В этом случае, как сообщает Котошихин, подьячий писал проект решения, дьяк его редактировал, затем проект шел на рассмотрение Думы, но без царского участия. Только после этой стадии и учета высказанных замечаний вопрос выносился на слушание в Думе под председательством царя. Наиболее общей проблемой в этом случае была трудность согласования вопроса, находившегося в ведении нескольких приказов. При тогдашнем форменном беспорядке в этой области данная проблема была основной головной болью правительства. Таким образом, Дума играла во многом роль согласовательного органа, она, без сомнения, играла роль, похожую на роль позднейшего Совета Министров или Правительства России.