Структура Судебника позволяет сделать определенные выводы о его системе. В основном это сборник процессуального права. Первый отдел (ст. ст. 1 — 36) содержит постановления о центральном суде, при этом ст. ст. 9 — 14 содержат разрозненные постановления уголовно-правового характера; второй отдел (ст. ст. 37 — 44) содержит постановления о суде местном (наместника и волостеля). Третий отдел (ст. ст. 46 — 68) включает в себя постановления по гражданскому праву и процессу.
Текст Судебника долго был не известен науке. До обнаружения текста в 1817 г. ученый мир пользовался весьма вольным переводом Герберштейна первых 16 статей. Полный текст Судебника был обнародован в 1819 г.
Источниками Второго царского судебника были предыдущий Судебник и накопленный за полвека указной материал. Однако содержание и техника Второго судебника настолько близки к Первому, что подобная близость позволяет сделать вывод о том, что Второй судебник является исправлением и дополнением Первого. Вопрос о существовании Судебника Василия III современной наукой не подтвержден.
Структура Второго судебника повторяет структуру Первого. Первый отдел (ст. ст. 1 — 61) содержит постановления о центральном суде; второй отдел (ст. ст. 62 — 75) определяет порядок местного суда; третий отдел (ст. ст. 76 — 96) содержит постановления по гражданскому праву и процессу; четвертый отдел, состоящий из четырех статей, может быть отнесен к юридико-технической области. Так, ст. 97 в принципе провозглашает впервые в русском праве запрет обратной силы закона: «А которые дела преж сего судебника вершены, или которые не вершены (но процесс по ним уже идет. — М.И.) в прежних во всяких делах, суженных и несуженных, и тех дел всех не посуживати… как те дела преж сего вершены, а впредь всякие дела судити по сему судебнику и управа чинити по тому, как царь и великий князь в сем своем судебнике с которого дни учинит». Статья 98 содержала технические постановления о правилах дальнейшего законодательствования. Благодаря ей, напомним, появились указные книги приказов. Статья 99 определяла ответственность за лжесвидетельствование, а ст. 100 содержала коллизионные нормы определения подсудности суда великого князя и царя с судом тверского князя.
Судебник 1550 г. был открыт для науки В.Н. Татищевым в 1734 г. впервые опубликован в 1762 г.
Третий судебник 1589 г. нами не рассматривается, поскольку в науке существует серьезное сомнение, применялся ли он когда-либо в общегосударственном масштабе. Есть данные о его применении только на севере страны.
Последний крупный кодификационный акт московского периода — Уложение царя Алексея Михайловича 1649 г. Это был первый акт, опубликованный для всеобщего сведения уже тогда же, в 1649 г. Вскоре издание было повторено. Акт этот оказался невероятно популярным. Формально включенный в Полное собрание законов Российской империи, он действовал до 1835 г.! Только Свод законов Российской империи (см. ниже) полностью заменил его положения!