Источниками Уложения явились в первую очередь кодификационные акты предыдущих эпох (Судебники) и последующий указной материал (в форме указных книг). В наиболее полном виде источники Уложения представлены в преамбуле памятника: «Лета 7156 года государь царь и великий князь Алексей Михайлович. советовал. и говорил. которые статьи написаны в правилех святых апостолов и святых отец и в градских законех греческих царей. и чтоб прежних великих государей царей и великих князей. указы и боярские приговоры с старыми судебниками справити. А на которые статьи в прошлых годех прежних государей в судебниках указу не положено, и боярских приговоров на те статьи не было, и те бы статьи по тому же написати и изложити по его государеву указу общим советом». Не назван только Литовско-русский статут в редакции 1588 г., явившийся одним из главных источников Уложения. Определенную роль в составлении Уложения сыграли челобитные населения. Некоторые статьи Уложения прямо начинаются со ссылки на такие челобитные. По сути Собор подтвердил то, что было испрашиваемо в них.
Структура Уложения может быть определена следующим образом: первые девять глав и главы XXIII, XXIV составляют первый отел памятника. Здесь по преимуществу собраны статьи, посвященные тогдашнему государственному и уголовному праву. Значительная часть из них определяет наказание за государственные преступления. Второй отдел (X — XV) составляют нормы процессуального права. Третий отдел (XVI, XVII, XIX, XX) постановления преимущественно гражданского права. Четвертый отдел (XXI, XXII) содержит общее уголовное право и процесс той эпохи. Остальные главы содержат в себе разрешение частных вопросов, волновавших тогда московское правительство (например, запрет курения табака). Из этой весьма условной систематизации видно, что некоторые главы включают постановления разного рода, что позволяет их одновременно относить к разным отделам.
Каноническое право.
Каноническое право в московскую эпоху было представлено в основном двумя памятниками: Кормчей книгой и Стоглавом 1551 г. Кормчая книга — компиляция канонического права из различных кодификаций византийских императоров и некоторых памятников русского права (в ней содержался один из вариантов Русской Правды). Кормчая книга до сих пор является одним из главных источников внутрицерковного права Русской православной церкви.
Стоглав — плод отечественного законодательства. Он был составлен в подражание Судебнику 1550 г., в котором было также 100 статей. Стоглав был официально отменен в 1667 г. в связи с более чем спорной канонической реформой патриарха Никона. Помимо чисто церковных постановлений Стоглав содержал постановления светского характера. Так, он изымал несудимые грамоты у духовенства, освобождал священников от поля: «А поля и крестного целования священническому чину не присуждают, но обыском обыскивают и многими свидетелями достоверными». Стоглав подтверждал обязательное обращение к смесному суду в случае, если стороной в споре был церковный человек: «А кому будет священническому и иноческому чину искати своих обид на мирских людех, или кому на них, иным люди искати, то суд смесной». Содержал Стоглав довольно интересные постановления, касающиеся служилых людей, которые можно рассматривать как некоторое ограничение крепостного права: «Благочестивому царю в царствующем граде Москве и по всем градам свою царскую заповеди учинити, чтобы дети боярские и люди боярские и всякие бражники зернью не играли и по корчмам не пили, и прочего зла не творили, и жили бы по крестьянски и были бы довольны своим оброком». Призыв довольствоваться своим оброком — это, конечно, слабая мера, но все же.