Покорение Средней Азии было достаточно долгим. Под давлением джунгар (совр. уйгуры) в первой четверти XVIII в. к южноуральским степям откочевали орды киргиз-кайсаков (тогда казахи и киргизы составляли одно племенное объединение), которые не замедлили вступить в пограничное столкновение с российскими башкирами. Уже тогда киргиз-кайсаки составляли три крупных племенных образования, орд, или жузов по-казахски: Кичи орда (Малая орда), Урта орда (Средняя орда) и Улу орда (Большая орда). Каждый жуз имел общеплеменного хана, ставка на власть которого существенно подвела правительство России, старавшегося у вновь обретенных соседей найти соответствие собственным политическим взглядам, что выливалось в поддержку монархии там, где она была изжита более архаичными порядками. По этому поводу совершенно верно писал генерал-лейтенант М.А. Терентьев, непосредственный участник покорения Азии:
«Более ста лет мы пытались, и вполне бесплодно, удерживать киргиз в повиновении при посредстве их ханов, насильно подчиняя этим ханам даже те отдельные роды, которые предпочитали управляться выборными ими самими батырями, выдвинувшимися из рядов черной кости благодаря только личным качествам, а не по наследству. Чтобы укоренить у киргизов понятие о важности ханского звания и наследственности ее, мы нарочно преувеличивали значение ханов, устраивали им нечто вроде коронации, кланялись этим глупым дикарям, осыпали их подарками, снабжали их гвардией из казаков и строго наказывали их подданных за непочтение и неповиновение» [Терентьев. 1906. 1 : 91].
Малая орда номинально признала подданство России в 1732 г., ее управлением, кстати, до XIX в. ведала Коллегия иностранных дел, потом МИД. Что же касается Средней и Большой орды, то Средняя принесла присягу на подданство в 1737 г., но в 1757 г. попала снова под влияние джунгар, которые к тому времени сами были покорены китайцами (Цинской империей). Именно в это время из Синцзяна (китайский Туркестан) идет заселение манчжурами долины реки Или, туда переселяют и часть самих джунгар — таранчи. Большая орда до 1787 г. кочевала совершенно независимо, но с указанной даты начала дробиться на части, которые постепенно, вплоть до 1819 г. входили в подданство России. Стоит тем не менее отметить, что по крайней мере в 1818, 1827 и 1829 гг. отдельные орды Большого жуза пытались прорваться через Уральскую пограничную линию с целью грабежа, но всякий раз были побиваемы казаками и башкирами. Прочное административное управление начинает устанавливаться у казахов только с 1822 г., со времени известной реформы управления Сибирью графом М.М. Сперанским.
Наученные горьким опытом похода генерала Перовского на Хиву (Хивинское ханство), русские использовали хорошо зарекомендовавшую себя на Кавказе систему пограничных укрепленных линий при движении в глубь среднеазиатских пустынь. Движение началось с конца 1840-х гг. с двух направлений: с Эмбы на Аральское море и через него вниз по Сырдарье, ввиду чего в 1847 г. приступом была взята крепость Ак Мечеть (позднее Перовск, ныне Кзыл-Орда); и из Семиречья, от верховий Иртыша через кольцо крепостей: Омск, Петропавловск, Семипалатинск и др. по Заилийскому Алатау, где уже в 1854 г. основывается крепость Верный (ныне Алма-Ата). Соответственно, две образованные таким движением линии — Сырдарьинская и Новококандская — пересекаются в Ташкенте, который взят приступом в 1865 г. от Кокандского ханства. В 1866 г. подчиняется Ходжент, Нау, Зачирчикская область и ряд других. Столь успешное продвижение вызывает в Бухарском ханстве желание противодействовать русским усилиям, но в 1868 г. поход эмира Музаффара заканчивается его полным разгромом, Бухара теряет Самарканд и подписывает с Россией мирный договор. 28 сентября 1873 г. между Россией и Бухарой заключается новый договор, которым над последней устанавливается протекторат, но de iure в состав Всероссийской империи это ханство так и не вошло. Границы Бухары с Афганистаном устанавливаются особым соглашением 1895 г. Кокандское ханство же окончательно упраздняется в 1876 г., после подавления очередного антирусского восстания. Из ханства образуется особая Ферганская область в указанном же году.