Исход истории казачества оказался ужасным. Приняв самое активное участие в гражданской войне (1918 — 1920 гг.), оно оказалось полностью уничтоженным; остатки казачьих войск вынуждены были эмигрировать за границу. Сказалась на этом процессе также и целенаправленно проводимая политика заселения казачьих земель пришлым, так называемым иногородним населением.
Войсковое казачье управление. В строго юридическом смысле привилегией особого управления в Российской империи пользовалось только донское казачество, все остальные войсковые земли входили, как правило, в состав обыкновенных губерний, краев и областей Империи и соответственно подчинялись военным и гражданским властям этих административно-территориальных единиц.
В Московскую эпоху казаками заведовал Посольский приказ, в эпоху Империи казачьи войска переходят в управление Военной коллегии (с 1720 г.), а со временем подчиняются напрямую военному министру. Кроме того, со времен императора Николая I наследник престола, цесаревич, считался по должности наказным атаманом всех казачьих войск России.
Управление каждым казачьим войском распадалось на два отдела: общевойсковое и станичное. Войсковое управление изначально возглавлял наказной атаман. Должность эта была выборной, затем право выбора атамана была ограничено: войско избирало несколько кандидатур, из которых затем высочайшей властью утверждался один; со второй половины XIX в. постепенно входит в обыкновение назначение центральной властью на должность атамана лиц даже не казачьего происхождения. При наказном атамане состоял особый административный орган (с правами губернского правления), как правило, он назывался войсковой канцелярией, иногда войсковым правительством.
Войсковая канцелярия включала в себя наказного атамана, начальника штаба, нескольких асессоров (помощников атамана). При канцелярии полагалось иметь несколько отраслевых органов управления, таких, например, как войсковой приказ общественного призрения, войсковая врачебная управа, войсковая прокуратура и т.д. Войсковое управление включало в себя особый войсковой суд, организация которого не совпадала с общеимперской, установленной Судебными уставами.
Войско подразделялось на округа или области, иногда использовался специальный термин — «полк». Окружное управление в основном наделялось полицейскими функциями и соответствовало уровню уездных учреждений губерний остальной России. В округах существовали особые судебные инстанции — окружные суды и окружная прокуратура.
Низовое войсковое управление сосредоточивалось на уровне станиц. Территория, прилегающая непосредственно к станице, называлась станичным юртом и все население юрта, даже не казачьего происхождения, подчинялось станичным органам управления. Главным учредительным органом станицы считался сбор (рада, сход) ее жителей, которые избирали сроком на три года станичного атамана и двух судей (стариков). Нередки были случаи, когда станичный сбор выступал i№ corpore в качестве особого судебного органа. Станичный атаман и судьи подлежали утверждению войсковым атаманом в своей должности.
Определенной особенностью управления пользовались казаки, происходившие из калмыков и других народов. В частности, в 1710 г. небольшой части Дербентовой орды (тайши Мунк-Тимура) разрешено было откочевать на земли при реке Маныч, где в 1723 г. эта часть орды была введена в состав донского казачества, в котором и находилась до 1920 г. Весной означенного года выжившие в кровавых боях с большевиками казаки-калмыки эвакуировались из Новороссийска вместе с остатками армии генерала А.И. Деникина.