Особо стоит остановиться на внутренней структуре Думы. Как мы уже сказали, Госдума из своего состава образовывала комиссии. Согласно ст. 32 ее Наказа она избирала комиссии ad hoc и постоянные комиссии. В числе постоянных комиссий в порядке ст. 33 Наказа создавались следующие подразделения:
1) распорядительная комиссия — для рассмотрения дел, касающихся членов Думы, а также для решения административно-хозяйственных вопросов деятельности самого парламента;
2) бюджетная комиссия — для рассмотрения государственной росписи доходов и расходов, а равно сметы министерств и ведомств;
3) финансовая комиссия — для рассмотрения предварительных дел, касающихся финансового законопроекта;
4) комиссия по исполнению государственной росписи — для контроля за исполнением бюджета; эта комиссия активно сотрудничала с Государственным контролем, в ее заседаниях участвовали представители этого ведомства;
5) редакционная комиссия — для окончательного редактирования текста законопроекта;
6) библиотечная комиссия — для заведования библиотекой Думы;
7) комиссия для разбора адресуемой в Госдуму корреспонденции.
Новая редакция ст. 33 Наказа пополнила Думу еще одной постоянной комиссией: по запросам. Данная комиссия переизбиралась во время каждой сессии. Специальных комиссий также было довольно много, вот, например, их список во II Государственной Думе: 1) об отмене военно-полевых судов; 2) о неприкосновенности личности; 3) о местном суде; 4) о свободе совести; 5) аграрная; 6) о местном самоуправлении; 7) о церковном законодательстве; 8) о народном образовании; 9) о рабочем законодательстве; 10) продовольственная; 11) о выработке Наказа; 12) о безработных; 13) для приема помещений; 14) об амнистии; 15) о привлечении 55 членов Госдумы.
Численность членов Государственной Думы Российской империи не была точно указана в законодательных актах, поэтому мы приводим ниже специальную таблицу численности Думы первых четырех легислатур:
| I Дума | II Дума | III Дума | IV Дума |
| 499 | 509 | 434 | 442 |
Источник: [Смирнов. 1998 : 607 — 610].
Депутаты Государственной Думы пользовались депутатской неприкосновенностью (ст. 15 Уч. Госдумы); лишение неприкосновенности могло последовать «за преступные деяния, совершенные при исполнении или по поводу исполнения обязанностей, лежащих на них по сему званию» (ст. 22); здесь следует учитывать то, что по всем остальным случаям депутат обладал полным иммунитетом (ст. 15), при этом неприкосновенность могла снять только сама Дума (ст. 16). Из последнего правила, впрочем, делалась резонная ссылка на случай задержания депутата на месте преступления. Определенной особенностью депутатского статуса в России той эпохи были следующие случаи законного лишения думца его статуса: а) утрата русского подданства; б) утрата ценза, дающего право на участие в выборах; в) поступление на военную службу; г) назначение на государственную службу (ст. 18 Уч. Госдумы).
Важной особенностью статуса дореволюционного депутата было то, что право прямо запрещало принцип так называемого императивного мандата (ст. 14 Уч. Госдумы), согласно которому избиратели могли бы влиять на своего избранника. Депутатам Думы выплачивалось значительное денежное содержание, оплачивались их путевые расходы, содержание квартиры и пр. (ст. 23. Там же).