Следующая серьезная реорганизация структуры Сената наступает уже в 1730 г., когда Указом от 1 июня Сенат разделяется на несколько департаментов: 1) духовных дел; 2) военных и морских дел; 3) камер-коллежских дел; 4) дел юстиции и челобитий; 5) купецких и государственных заводов; тогда же определяется и состав каждого департамента Сената: четыре-пять сенаторов. Следующая крупная реформа структуры Сената, совпавшая по времени с умалением его власти, произошла в 1763 г. В Санкт-Петербурге учреждаются четыре департамента, в Москве из прежней Сенатской конторы — два департамента. Первый департамент по этой реформе ведал государственные внутренние и политические дела; второй — судебные дела (кассация и апелляция); третий — управление губерний, состоявших на особом положении (Малороссия и Остзейский край); четвертый — дела из Военной и Адмиралтейств-коллегии; все перечисленные департаменты находились во второй столице. В Москве бывшая Сенатская контора преобразована была в первый департамент, в который перешли все прежние дела, подведомственные конторе, во второй — апелляционные дела; во многом этот московский департамент конкурировал с деятельностью второго петербургского департамента. В правление императора Павла I в состав Сената вводятся многочисленные экспедиции, образованные из реорганизованных коллегий. Наконец, при императоре Александре I Сенат, «яко верховное место правосудия и исполнения законов» (ПСЗРИ. 1-е изд. Т. XXVII. № 19908), получает окончательное свое положение в виде органа подчиненного управления. Последнее вместе с тем было установлено de facto только в ходе последующей практики, так как выражение закона — Уч. Сената 1802 г. de iure оставляло за ним некоторую роль в делах верховного управления. Подобная терминологическая путаница существовала, надо сказать, вплоть до 1917 г.; это было обусловлено тем, что формально Император продолжал числиться его председателем (ст. 4 Уч. Сената изд. 1892 г.), несмотря на то что доктрина русского государственного права начала XX в. считала это положение «анахронизмом».

В дальнейшем, особенно по СЗРИ изд. 1857 г., Сенат был разделен на 12 департаментов: с первого по пятый, а также межевой и герольдии (последний преобразован в особый департамент только в 1848 г.) находились в Санкт-Петербурге; шестой, седьмой и восьмой — в Москве; девятый и десятый — в Варшаве. В 1876 г. в связи с введением в губерниях бывшего Царства Польского действия Судебных уставов 1864 г. варшавские департаменты были упразднены, такая же участь постигает и московские. Дела упраздненных департаментов отходят к петербургским, в составе которых равно производится реорганизация — появляются специальные кассационные департаменты согласно ст. ст. 114 и 115 Уч. суд. уст. 1864 г., состав и порядок работы которых мы рассмотрим ниже в параграфе, посвященном судебной системе Империи. Таким образом, к изданию Уч. Сената 1886 г. последний превращается в высшую судебную инстанцию, попутно осуществляющую административный надзор в порядке административной юстиции: первый, второй герольдии, межевой ведали теперь делами высшего административного надзора и управления; с четвертого по седьмой ведали дела апелляционного и кассационного порядка. Важно при этом отметить, что в 1802 г. должность генерал-прокурора (фактического премьер-министра второй половины XVIII в.) соединилась с должностью министра юстиции и превратилась в исключительно правоохранительную власть.