Следующее структурное подразделение коллегии — ее канцелярия, впоследствии усилившая свою роль в управлении, несмотря на изначальный технико-вспомогательный свой характер. Уже известным Указом 1717 г. ее состав определялся следующим образом: секретарь, нотарий (нотариус), актуарий (архивариус), регистратор, переводчик, подьячии трех статей. Глава XXVIII Ген. рег. 1720 г. определяла состав канцелярии уже следующим образом: секретарь, нотариус, переводчик, актуариус, регистратор, канцеляристы и копиисты. Из этих должностных лиц, конечно, наиболее экзотической была должность переводчика. Вот как она определялась самим актом: «Переводчика должность в коллегиях есть чтоб оное, что до коллегии касается и ему дано будет, из иностранного языка на русский явственно и ясно переводил, дабы сенс справедлив и мнение подлинного письма в переводе согласно было» (гл. XXXI Ген. рег.). Помимо прекрасного образчика тарабарщины, на которой написано громадное большинство актов Петра, этот представляет собой доказательство еще и рабского копирования иноземных порядков, поскольку переводчик был предназначен для составления справок по иностранному законодательству, которое подлежало практически механическому применению в коллегиях, что послужило еще одной причиной упадка этих учреждений. Кроме того, по Генеральному регламенту в каждой коллегии по штату полагалось иметь особого фискала, который «должен смотреть, чтоб все порядочно по данным регламентам и указам управляемо было, правдою и доброю ревностью, а кто в том погрешит, о том он о всем фискальски в коллегию доносить должен» (гл. XLV Ген. рег.). Наконец, каждой коллегии полагалось иметь «ко услуге своей одного вахмистра и канцелярских слуг, которым всегда быть подлежит в прихожей, и когда в колокольчик позвонят, войтить и принять повеление» (гл. XLV Ген. рег.).

Интересным новшеством в масштабе всей страны можно назвать практику откомандирования молодых людей в канцелярии коллегий, «чтоб прилежным списыванием дел в письме и в арихметике обучались и прислучающиеся ваканции, ежели они к делу способны и доброй натуры и поступки суть употребляемы быть могли» (гл. XXXVI Ген. рег.). Таким образом, вместе с учащимися юнкерской школы при Сенате эти молодые люди составляли первое ученое сословие, получающее более или менее правильное юридическое образование. Первый университет в России (Московский) с юридическим факультетом был открыт только в 1755 г.

Назначение технического персонала коллегий подлежало ведомству Сената, почин избрания — самой коллегии. Члены присутствия: асессоры и советники назначались Сенатом, президента и вице-президента — Император. Кандидатуру вице-президента ему представлял Сенат.

Решение коллегия принимала большинством голосов: «…по том во всем коллегии каждое дело обстоятельно рассуждают, и наконец с низу, не впадая один другому в речь, голосы свои дают, и множайшему числу голосов следуют; а ежели голосы равны, по оным следовать, с которым президент соглашается» (гл. VI Ген. рег.). Малозначительные дела, однако, решались в канцелярском порядке (гл. VIII. Там же).