Весьма важную особенность в деятельности коллегий составляла реализация (исполнение) указов, данных по их предметам ведомства от Императора или Сената. Глава IV Генерального регламента притом различала уже устную и письменную форму такого указа: «Дела разумеются, о которых надлежит письменный указ, те, которые в действо производить, не те, которые к сочинению действа надлежат». Последующая практика (Указ 1721 г. «О разграничении указов») ввела следующее правило в дополнение к прежнему: «Указы все за нашею подписью разбирать надвое: которые временные — в особливую книгу, а которые в постановление какого дела, то припечатывать, а именно что подлежит до коллегии, то в регламент коллегии, а что к Уставу или к артикулам и прочим делам — в Регламент, а не на время». Согласимся, некоторым образом это напоминает практику ведения указных книг московских приказов.
Несмотря на первую попытку отделения суда от администрации, предпринятую как раз Петром, коллегии во многом несли на себе отпечаток прежнего приказного объединения административной и судебной отрасли управления, свидетельством чего, например, являлось официальное наименование присутствия коллегии: «судейское правление» (гл. XXIII Ген. рег.). Кроме того, по крайней мере три коллегии: Юстиц, Вотчинная и Коммерц заведовали некоторыми категориями судных дел. Из Юстиц-коллегии впоследствии в губерниях были созданы судебные палаты гражданских и уголовных дел. Также практически все коллегии первое время своего существования являлись апелляционными инстанциями на решения подчиненных им приказов.
В коллегиальном управлении при Петре узаконивалась своеобразная система оплаты труда канцелярского персонала: «Как коллегии, а особливо канцелярии, впредь некоторые акциденции получать и в чем оные состоять могут, о том его царское величество по всемилостливейшему своему благоизобретению впредь особливый регламент выдать изволит» (гл. XXXIX Ген. рег.). Фактически речь шла об узаконивании взяточничества, канцелярским служителям велено было прямо брать деньги с просителей. Несмотря на строгие указания Петра в Генеральном регламенте о быстром разрешении дел, именно эта часть благих пожеланий царя-реформатора осталась невыполнимой.
Учреждение министерств.
Министерства учреждаются на месте коллегий по Манифесту 1802 г. (ПСЗРИ. 1-е изд. Т. XXVII. № 20406). Первоначально учреждалось восемь министерств: Военных сухопутных сил, Морских сил, Иностранных дел, Юстиции, Внутренних дел, Финансов, Коммерции, Народного просвещения. Этим же Манифестом для каждого министра определялась должность его заместителя — товарища министра. Министерства ставились под контроль Сената. Более того, первоначально министерства представляли собой министра, его товарища и небольшую канцелярию, которые все вместе ставились во главе прежних коллегий, отнесенных законом к ведомству министра. Коллегии при этом даже не упразднялись, а продолжали функционировать, но уже не с президентом, а с министром во главе. Отчасти это было повторение той системы, которая устоялась во время краткого правления Павла I, последний ввел вместо президента пост директора коллегии, принимавшего решения единолично. Только к 1811 г., когда выходит Общее учреждение министерств, подготовленное графом Сперанским, в России вплоть до сего дня начинают функционировать особые органы центрального управления.