Положение обер-прокурора Синода также развивается в сторону придания ему всей полноты власти министра. Юридически это закрепляется окончательно в правление императора Александра I. Так, Выс. утв. мнение Госсовета от 13 декабря 1865 г. вводилась должность товарища обер-прокурора Синода, при этом указывалось, что эта должность устанавливается «с правами и обязанностями, присвоенными товарищам министров». Начиная с 1880 г. обер-прокурор Синода заседает наравне с другими министрами в Комитете и Совете Министров. Другим законодательным актом 1904 г. постановлялось, что обер-прокурор присутствует в Госсовете, Совмине и Комитете Министров «на равных с министрами основаниях». После 1906 г. тем не менее положение «министра церкви» существенно не меняется; хотя он наравне с остальными министрами продолжает входить в Совмин, его ведомство не подчинено напрямую Императору, как, например, МИД, поэтому правительство берет на себя часть забот по регулированию положения Церкви.

Эта ситуация вызывает в церковной среде движение за восстановление патриаршества, поскольку между царем и Церковью возникает также и неправославная по своему составу Дума. Вдобавок ко всему в период первой русской революции произошло существенное улучшение положения инославных и даже нехристианских вероисповеданий, что поставило перед Русской церковью задачу начать борьбу за равноправие. Царь согласился с необходимостью созвать предсоборное совещание, которому предшествовала работа предсоборного присутствия. В этих формах проходила работа по выработке нового устава Церкви, порядку избрания ее главы, реорганизации Синода. Подготовительная работа в основном увенчалась успехом, правда, одновременно выявилось в Церкви движение (протестантское по форме и еретическое по существу) так называемых обновленцев, сумевших после революции при поддержке большевистских комиссаров нанести ощутимый вред Церкви. Начавшаяся Первая мировая война помешала созвать Собор, но после падения самодержавия в феврале 1917 г. такая возможность Церкви представилась — 200-летнее иго синодализма пало! Поместный собор заседал с августа 1917 г. по сентябрь 1918 г. Отчасти силою вещей, отчасти усилиями самой Церкви состоялось полное преобразование ее управления.

Организация Синода.

Первоначально Синод представлял собой Духовную коллегию, состав которой не отличался от состава прочих коллегий. Духовная коллегия возглавлялась президентом-митрополитом Стефаном. У него было два вице-президента в чине архиепископов, четыре советника из архимандритов и четыре асессора из пресвитеров и монахов. В 1726 г. Синод был разделен на два департамента: церковных и экономических дел. Еще ранее, в 1720 г., из-за смерти митрополита Стефана был упразднен пост президента коллегии, вместо президента на каждое заседание полагалось выбирать первоприсутствующего. Впрочем, можно догадаться, что пост обер-прокурора учреждался не без умысла поставить его на место первоприсутствующего в Синоде. Экономический департамент прекратил свое существование по реформе 1764 г. Со временем уменьшилась и штатная численность членов Церковного департамента. В XIX в. из состава Синода выводят священнослужителей пресвитерского чина, их места занимают епископы. С 1814 г. при Синоде находится Грузино-имеретинская контора под председательством экзарха Грузинской церкви. В 1839 г. при обер-прокуроре появляется собственная канцелярия, отдельная от синодальной. В 1867 г. учреждается при Синоде Духовно-учебный комитет для заведования духовными учебными заведениями. В Москве Синод имел особую контору для заведования соборами Кремля и другими важными церковными объектами города.