Уложение состояло из 12 разделов:
Раздел 1. О преступлениях, проступках и наказаниях вообще.
Разделы 2 — 5. Преступления государственные, против веры, порядка управления.
Разделы 6 и 7. Преступления в сфере законодательства о налогах, сборах и земских повинностях.
Раздел 8. Преступления против санитарного законодательства.
Раздел 9. О преступлениях против законов о состояниях.
Раздел 10. О преступлениях против жизни, здравия, свободы и чести частных лиц.
Раздел 11. О преступлениях против прав семейственных.
Раздел 12. О преступлениях и проступках против собственности частных лиц.
Как видно из содержания, определенным недостатком Уложения было то, что законодатель в нем смешал предметы регулирования. В уголовном законе оказалось много норм из сферы административного права. Первый же Кодекс об административных правонарушениях в России был издан только в 1984 г. Определенную трудность применения Уложения составляла его отсталая техника. Уложение было многословно, одних статей в первоначальной редакции в нем насчитывалось 2224! Это сказывалось в излишней казуистичности его норм. Казалось, законодатель стремился предусмотреть все случаи жизни. Такова была еще мода XVIII в., но в XIX в. это выглядело явным анахронизмом.
В конце XIX в. актуальной стала другая теория уголовного права, что потребовало или, во всяком случае, поставило на повестку дня очередное изменение уголовного законодательства. Нормы Уложения 1845 г. явно устарели, бурное развитие новых социальных условий жизни требовало адекватного регулирования. Кроме того, после проведения реформ императора Александра II, особенно в области правосудия, в связи с изданием Устава о наказаниях, налагаемых мировыми судьями, в общем корпусе уголовного законодательства Империи образовалось явное противоречие. Простые редакционные правки Уложения уже явно не решали проблему.
Поэтому уже в апреле 1881 г. высочайшим повелением был учрежден особый комитет для пересмотра уголовных законов. В комитет наряду с правительственными чиновниками вошли видные представители науки уголовного права той эпохи: профессора Фойницкий, Таганцев и др. К 1895 г. проект был готов и подвергся обсуждению. Замечания к нему были учтены к 1898 г. сам проект представлен в Государственный Совет. В 1901 г. было образовано особое совещание для окончательного рассмотрения проекта. Проект был высочайше утвержден 22 марта 1903 г. (СУ 1903. № 38. Ст. 416).
В общем новое Уложение разительно отличалось от прежнего. Оно состояло всего из 687 статей и подразделялось на 37 глав. Глава первая «О преступных деяниях и наказаниях вообще» может быть рассмотрена как своего рода общая часть Кодекса. Здесь определялись условия вменения, виды виновности, условия смягчения или усиления ответственности. Определялись цели наказания. Главы 2 — 37 содержали разного рода квалификации преступлений. Проект Уложения получил благоприятные отзывы. Отмечались высокий юридико-технический уровень изложения норм, разработанность терминологии. В то же время новейшие веяния в области европейского уголовного права не получили в нем полного отражения.