Определенные полномочия в отношении ФСО России имеет также и Правительство РФ: координирует деятельность ФСО России в части, касающейся взаимодействия этого правоохранительного органа с другими федеральными органами исполнительной власти.

Возглавляет ФСО России ее директор, который, как было уже отмечено, назначается на должность и освобождается от должности Президентом РФ. Директор Службы имеет заместителей, количество которых, а также назначение на должность и освобождение от должности определяются Президентом РФ.

Директор ФСО России (ст. ст. 15, 16 Положения о ФСО) организует работу ФСО России, руководит деятельностью федеральных органов государственной охраны, устанавливает полномочия должностных лиц федеральных органов государственной охраны по решению ими оперативных, организационно-штатных, кадровых, финансовых, производственно-хозяйственных и иных вопросов, отнесенных к установленной сфере деятельности; вносит Президенту РФ проект положения о ФСО России, предложения по структуре федеральных органов государственной охраны, а также по штатной численности военнослужащих и гражданского персонала федеральных органов государственной охраны, предложения о назначении на должность и освобождении от должности заместителей директора, предложения о присвоении классных чинов действительного государственного советника Российской Федерации 1, 2 и 3 класса федеральным государственным гражданским служащим; вносит Президенту РФ и в Правительство РФ проекты нормативных правовых актов, другие документы по вопросам, отнесенным к установленной сфере деятельности; вносит в Правительство РФ предложения о денежном содержании военнослужащих, фонде оплаты труда федеральных государственных гражданских служащих и фонде оплаты труда работников, замещающих должности, не являющиеся должностями гражданской службы; утверждает структуру ФСО России, штаты федеральных органов государственной охраны и определяет порядок функционирования федеральных органов государственной охраны; осуществляет иные полномочия, указанные в ст. 14 Положения о ФСО России.

Структура ФСО России. ФСО России имеет в своем составе службы, управления и другие подразделения (Служба безопасности Президента РФ; Служба специальной связи и информации; Гараж особого назначения; Служба коменданта Московского Кремля; Пресс-центр и др.), которые образуют ее центральный аппарат.

Важнейшим структурным подразделением центрального аппарата ФСО России является ее коллегия, состав которой утверждается директором (председателем коллегии). Эта коллегия рассматривает наиболее важные вопросы, отнесенные к установленной сфере деятельности ФСО России. Решения на ней принимаются большинством голосов ее членов. На основании решений коллегии издаются приказы ФСО России. В случае разногласий между председателем коллегии и ее членами окончательное решение принимает директор. На основании решений, принятых на совместных заседаниях коллегий ФСО России и других федеральных органов исполнительной власти, издаются совместные приказы ФСО России и соответствующих федеральных органов исполнительной власти.

ФСО России является юридическим лицом, имеет действительное и условное наименования, печать с изображением Государственного герба Российской Федерации и со своим наименованием, иные печати, штампы, бланки установленного образца и счета, открываемые в соответствии с законодательством Российской Федерации.