Межрегиональную инспекцию возглавляет руководитель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности руководителем ФНС России. Руководитель межрегиональной инспекции имеет заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности руководителем ФНС России по представлению руководителя межрегиональной инспекции. Межрегиональные инспекции осуществляют функции налоговых органов на определенной территории или в определенной сфере деятельности.

Межрегиональная инспекция является юридическим лицом, имеет бланк и печать с изображением Государственного герба Российской Федерации со своим полным и сокращенным наименованием, иные печати, штампы и бланки установленного образца, а также счета, открываемые в соответствии с законодательством Российской Федерации.

Управления ФНС по субъектам РФ (сокращенное наименование — УФНС России по ___) являются территориальными органами ФНС и входят в единую централизованную систему налоговых органов.

УФНС по субъектам РФ находятся в непосредственном подчинении ФНС России и ей подконтрольны. Управление возглавляет руководитель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Министром финансов РФ по представлению руководителя ФНС России. Руководитель управления имеет заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности руководителем ФНС по представлению руководителя управления.

УФНС по субъекту РФ осуществляет функции по контролю за соблюдением законодательства о налогах и сборах, за правильностью исчисления, полнотой и своевременностью внесения в соответствующий бюджет налогов и сборов, а также за производством и оборотом этилового спирта, спиртосодержащей, алкогольной и табачной продукции и за соблюдением валютного законодательства РФ в пределах полномочий налоговых органов.

УФНС по субъекту РФ осуществляет государственную регистрацию юридических лиц, физических лиц в качестве индивидуальных предпринимателей, крестьянских (фермерских) хозяйств, представляет в делах о банкротстве и в процедурах о банкротстве требования об уплате обязательных платежей и требования Российской Федерации по денежным обязательствам.

УФНС по субъекту РФ осуществляет свою деятельность непосредственно и через инспекции по районам, районам в городах, городам без районного деления, инспекции межрайонного уровня и во взаимодействии с территориальными органами федеральных органов исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов РФ, органами местного самоуправления и государственными внебюджетными фондами.

Полномочия управления в установленной сфере деятельности определяются Положением «Об Управлении Федеральной налоговой службы по субъекту Российской Федерации», утвержденным Приказом Министра финансов РФ от 9 августа 2005 г. № 101н (в ред. от 05.04.2012).

Инспекции Федеральной налоговой службы по району, району в городе, городу без районного деления и инспекции ФНС межрайонного уровня (ИФНС) — основное звено в системе налоговых органов. ИФНС находятся в непосредственном подчинении управления ФНС России по субъекту РФ и подконтрольны ФНС и управлению.

ИФНС — территориальный орган, осуществляющий функции по контролю и надзору за соблюдением законодательства о налогах и сборах, за правильностью исчисления, полнотой и своевременностью внесения в соответствующий бюджет налогов и сборов, в случаях, предусмотренных законодательством Российской Федерации, за правильностью исчисления, полнотой и своевременностью внесения в соответствующий бюджет иных обязательных платежей, а также за производством и оборотом этилового спирта, спиртосодержащей, алкогольной и табачной продукции и за соблюдением валютного законодательства Российской Федерации в пределах компетенции налоговых органов.