В то же время сложная политическая обстановка, условия гражданской войны требовали принятия особых мер по поддержанию боеспособности Красной армии, укреплению дисциплины и правопорядка в ее рядах. Общегражданские судебные органы не могли эффективно осуществлять правосудие в войсках, не обеспечивали оперативного разрешения дел, особенно в условиях боевых действий, судьи были оторваны от армии, не знали специфики военной службы. Поэтому в войсках по инициативе Реввоенсоветов в середине 1918 г. стали образовываться военно-судебные органы: чрезвычайные тройки, полевые суды, военно-полевые сессии и др., которые в результате их преобразования стали называться военными трибуналами.
Для организации единого управления разрознено создававшихся военных трибуналов Реввоенсовет (РВС) Республики 14 октября 1918 г. учредил в своем составе Революционный военный трибунал Республики (РВТР).
Революционные военные трибуналы в период Гражданской войны находились в политическом и организационном подчинении у политических органов и военного командования.
По Положению о судоустройстве РСФСР 1922 г. (ст. 86) военно-судебные учреждения состояли: при революционных военных советах военных округов и фронтов — военные трибуналы военных округов и фронтов; при корпусах — военные трибуналы корпусов; при дивизиях — дивизионные отделы окружных военных трибуналов. Они фактически превратились в специализированные судебные органы для осуществления правосудия в вооруженных силах.
В последующем задачи, компетенция и система военных трибуналов определилась общесоюзными Положениями о военных трибуналах 1926 г., а затем 1958 и 1980 гг.
Общее руководство деятельностью военных трибуналов принадлежало Верховному Суду СССР, а непосредственное руководство и управление военными трибуналами осуществляла Военная коллегия Верховного Суда.
По Закону о судоустройстве СССР 1938 г. военные трибуналы относились к специальным судам и рассматривали дела о воинских преступлениях и некоторых других преступлениях, отнесенных к их подсудности (ст. 58 Закона).
В связи с возникновением угрозы войны произошло расширение подсудности уголовных дел военным трибуналам. Им стали подсудны дела о всех преступлениях военнослужащих и военнообязанных во время прохождения последними учебных сборов. Это положение о подсудности дел военным судам сохранено в законодательстве до сего времени.
Во время Великой Отечественной войны компетенция военных трибуналов в силу понятных причин существенно расширилась. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 июня 1941 г. «О военном положении» устанавливалось, что «в изъятие из действующих правил о рассмотрении судами уголовных дел в местностях, объявленных на военном положении, все дела о преступлениях, направленных против обороны, общественного порядка и государственной безопасности, передаются на рассмотрение военных трибуналов». Тогда же было утверждено Положение о военных трибуналах в местностях, объявленных на военном положении, и в районах военных действий. Приговоры военных трибуналов кассационному обжалованию не подлежали и могли быть изменены или отменены лишь в порядке судебного надзора.