В период войны военные трибуналы действовали при военных округах, фронтах и военно-морских флотах, при армиях, корпусах и иных воинских соединениях и военизированных учреждениях.
В связи с объявлением в г. Москве осадного положения Постановлением Государственного Комитета Обороны от 20 октября 1941 г. все гражданские суды, как и органы прокуратуры столицы, были переформированы в военные трибуналы и военные прокуратуры.
После окончания Великой Отечественной войны все военные трибуналы стали применять законодательство мирного времени. С принятием в 1957 г. Положения о Верховном Суде СССР, а в 1958 г. нового Положения о военных трибуналах существенно изменилась компетенция военных трибуналов, которая стала строго определяться общими для всех судов общей юрисдикции целями осуществления правосудия, а также задачей борьбы с посягательствами на безопасность и боеготовность Вооруженных Сил СССР.
Закон СССР от 25 июня 1980 г. утвердил новую редакцию Положения о военных трибуналах. Система военных трибуналов состояла из военных трибуналов видов войск (военный трибунал Ракетных войск стратегического назначения), военных округов (флотов) и военных трибуналов гарнизонов.
Положение о военных трибуналах 1980 г. в части, не противоречащей законодательству Российской Федерации, действовало до принятия в 1999 г. Федерального конституционного закона «О военных судах Российской Федерации».
В связи с распадом Советского Союза и упразднением структур судебной власти бывшего Союза ССР военные трибуналы, дислоцированные на территории РСФСР и в группах войск за границей, Постановлениями Президиума Верховного Совета РСФСР от 28 декабря 1991 г. и 13 января 1992 г. были включены в судебную систему Российской Федерации, а Военная коллегия — в состав Верховного Суда РФ. Управление военных трибуналов бывшего Министерства юстиции СССР было включено в состав Министерства юстиции РСФСР.
Законом РСФСР от 21 апреля 1992 г. военные трибуналы были переименованы в военные суды и включены в судебную систему Российской Федерации путем внесения изменений и дополнений в Российскую Конституцию (ст. ст. 163, 164 прежней Конституции РСФСР), а затем такие дополнения были внесены в действующие в этот период Уголовно-процессуальный и Гражданско-процессуальный кодексы РСФСР и Закон РСФСР «О судоустройстве РСФСР».
Военные суды создаются и упраздняются по территориальному принципу по месту дислокации войск и флотов на основании федерального закона. Никакой военный суд не может быть упразднен, если отнесенные к его ведению вопросы не были одновременно переданы в юрисдикцию другого суда. Численность судей военных судов устанавливается Верховным Судом РФ (ч. 1 ст. 22 Закона о судебной системе, ч. 3 ст. 1 Закона о военных судах).
Военные суды осуществляют правосудие в порядке гражданского, административного и уголовного судопроизводства.
Как органы правосудия военные суды выполняют единые для всех судов общей юрисдикции задачи, определенные ст. 2 ГПК РФ и ст. 6 УПК РФ.