┌────────────────────────────┐
│ ФСКН России │
│ (центральный аппарат) │
└─────────────┬──────────────┘
┌─────────────┴──────────────┐
V V
┌────────────────────────────┐ ┌───────────────────────────┐
│ Региональные органы │ │ Организации и │
│ Главные управления ФСКН по │ │ подразделения, созданные │
│ федеральным округам │ │ для реализации задач, │
└──────────────┬─────────────┘ │возложенных на ФСКН России:│
V │- образовательные; │
┌────────────────────────────┐ │- медицинские; │
│ Территориальные органы │ │- научные и другие │
│(управления, отделы) ФСКН по│ └───────────────────────────┘
│ субъектам РФ │
└──────────────┬─────────────┘
V
┌────────────────────────────┐
│ Межрайонные, городские │
│ (районные) органы │
│ наркоконтроля │
└────────────────────────────┘
Общее руководство деятельностью ФСКН России осуществляет Президент РФ, который, в частности, утверждает Положение о ФСКН России, ее структуру (основные положения), геральдический знак-эмблему и флаг, устанавливает предельную штатную численность этой Службы и ее центрального аппарата, назначает на должность и освобождает от должности директора ФСКН России и его заместителей.
ФСКН России возглавляет директор Службы, который организует работу ФСКН России и руководит ее деятельностью на принципах единоначалия. Полномочия директора ФСКН России определяются Президентом РФ.
Директор ФСКН устанавливает полномочия своих заместителей, распределяет обязанности между заместителями директора ФСКН, устанавливает полномочия других должностных лиц органов наркоконтроля по решению ими оперативных, организационно-штатных, кадровых, финансовых, производственно-хозяйственных и иных вопросов, относящихся к компетенции ФСКН России.
В ФСКН России образуется коллегия в составе директора ФСКН (председатель коллегии), его заместителей, входящих в нее по должности, а также других лиц. Состав коллегии ФСКН (кроме лиц, входящих в нее по должности) утверждается Президентом РФ.
Основными структурными подразделениями центрального аппарата ФСКН России являются: руководство Службы (директор, первый заместитель директора, статс-секретарь — заместитель директора, заместитель директора, заместитель директора — руководитель аппарата Государственного антинаркотического комитета, заместитель директора — руководитель Оперативно-розыскного департамента), коллегия Службы и департаменты.
В центральном аппарате ФСКН России действует 10 департаментов: организационно-административный департамент; оперативно-розыскной департамент; следственный департамент; департамент специального и криминалистического обеспечения; аппарат Государственного антинаркотического комитета; иные департаменты.
Департаменты Службы в свою очередь подразделяются на управления и отделы. Например, Следственный департамент состоит из следственного управления, зонально-следственного управления и методико-аналитического управления.
В целях реализации возложенных задач ФСКН России создает, реорганизует и упраздняет территориальные органы и организации ФСКН России, которые входят в ее систему ФСКН и находятся в ее подчинении.
Территориальные органы и организации являются юридическими лицами, имеют печать с изображением Государственного герба РФ и своим наименованием, другие необходимые для своей деятельности печати, штампы, бланки, а также счета.
Территориальные органы осуществляют свою деятельность на основании Типового положения о региональном управлении Федеральной службы РФ по контролю за оборотом наркотиков и управлении ФСКН по субъекту РФ, утвержденного Приказом директора ФСКН 1.