Коллегия ФТС России является постоянно действующим совещательным органом при руководителе ФТС России и возглавляется им.

Принятые на заседании коллегии ФТС России решения отражаются в протоколе, который оформляется ответственным секретарем коллегии ФТС России и утверждается руководителем ФТС России. Решение коллегии ФТС России, как правило, объявляется приказом ФТС России.

При Федеральной таможенной службе действует Консультативный совет по таможенной политике. Персональный состав этого совета утверждается руководителем ФТС.

Основные полномочия Федеральной таможенной службы (ст. 5 Положения о ФТС):

— вносит в Правительство Российской Федерации проекты федеральных законов, нормативных правовых актов Президента Российской Федерации и Правительства РФ и другие документы по вопросам, относящимся к сфере деятельности Службы;

— на основании и во исполнение Конституции РФ, федеральных законов, актов Президента РФ и Правительства РФ принимает нормативные правовые акты в установленной сфере деятельности. Перечень нормативных правовых актов, которые вправе принимать ФТС, изложен в положении о Федеральной таможенной службе;

— организует взимание таможенных пошлин и налогов, относящихся к товарам, перемещаемым через таможенную границу России;

— осуществляет полномочия по контролю и надзору в установленной сфере деятельности, в том числе осуществляет обеспечение единообразного применения таможенными органами таможенного законодательства, таможенное оформление и таможенный контроль, осуществляет в пределах своей компетенции контроль за валютными операциями резидентов и нерезидентов, связанными с перемещением товаров и транспортных средств через таможенную границу, осуществляет производство по делам об административных правонарушениях и рассмотрение таких дел в соответствии с законодательством об административных правонарушениях, осуществляет дознание и производство неотложных следственных действий в соответствии с уголовно-процессуальным законодательством, осуществляет оперативно-розыскную деятельность;

— ведет таможенную статистику внешней торговли и специальную таможенную статистику;

— обобщает практику применения законодательства Российской Федерации в установленной сфере деятельности;

— рассматривает жалобы на решения, действия (бездействие) таможенных органов и их должностных лиц;

— взаимодействует в установленном порядке с органами государственной власти иностранных государств и международными организациями в установленной сфере деятельности;

— осуществляет иные полномочия в установленной сфере деятельности, если такие полномочия предусмотрены федеральными законами, нормативными правовыми актами Президента РФ или Правительства РФ.

ФТС имеет право создавать, реорганизовывать и ликвидировать региональные таможенные управления, таможни и таможенные посты, в том числе специализированные таможенные органы, компетенция которых ограничивается отдельными правомочиями для выполнения некоторых функций, возложенных на таможенные органы, либо для совершения таможенных операций в отношении определенных видов товаров. Указанные подразделения создаются исходя из целесообразности их создания. Развертывание сети таможенных органов в местах наиболее интенсивной внешнеэкономической деятельности обеспечивает ускорение прохождения таможенных формальностей, сокращение времени перемещения через таможенную границу товаро- и пассажиропотоков. Правила создания, реорганизации и ликвидации региональных управлений, таможен и таможенных постов регламентируются Постановлением Правительства РФ от 20 октября 2012 г. № 1071.