Представительства (представители) ФТС России за рубежом учреждаются и осуществляют свою деятельность за рубежом в порядке, установленном Указом Президента РФ от 14 июня 1997 г. № 582 «Об организации и порядке осуществления федеральными органами исполнительной власти и российскими государственными учреждениями функций, связанных с деятельностью за рубежом» (ред. от 05.10.2002), международными договорами Российской Федерации и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации.
Региональные таможенные управления (РТУ) входят в единую систему таможенных органов и осуществляют руководство таможенным делом на территории подведомственного региона под непосредственным руководством ФТС. Они являются промежуточным руководящим звеном между ФТС России и таможенными органами, непосредственно осуществляют управление и контроль таможен и таможенных постов, находящихся в их подчинении, по вопросам таможенных операций, взимания платежей и иным вопросам; доводят до их сведения команды вышестоящего руководителя. В подчинении регионального управления находятся расположенные на территории подведомственного региона таможенные органы, за исключением таможен, непосредственно подчиненных ФТС, и таможенных постов, подчиненных РТУ, находящихся в их регионе деятельности.
В настоящее время на территории Российской Федерации функционируют 8 РТУ, среди них: Дальневосточное, Приволжское, Северо-Западное, Сибирское, Уральское, Центральное, Южное и Северо-Кавказское (см., например: Приказ ФТС России от 7 июля 2010 г. № 1275 «О создании Северо-Кавказского таможенного управления»).
Большая часть вопросов, находящихся в ведении РТУ, по содержанию идентична полномочиям центрального таможенного органа, различны лишь их масштабы и объемы содержания полномочий. В случаях, не терпящих отлагательства, управление разрешает собственной властью вопросы, возникающие при применении таможнями различных инструкций.
Региональные таможенные управления создаются, реформируются и ликвидируются на основании приказов руководителя ФТС. Структура, полномочия и организация деятельности регионального таможенного управления определяются Общим положением о региональном таможенном управлении, утвержденным Приказом руководителя Федеральной таможенной службы от 12 января 2005 г. № 7 (ред. от 19.03.2010).
Региональное таможенное управление возглавляет начальник, который назначается на должность и освобождается от должности приказом руководителя Федеральной таможенной службы России.
В структуру регионального таможенного управления входят службы: служба организации таможенного контроля, служба федеральных таможенных доходов, организационно-инспекторская служба, служба таможенной инспекции, служба собственной безопасности, информационно-техническая служба, правовая служба, кадровая служба и др. В каждой службе имеются отделы и отделения (группы), которые осуществляют на территории таможенного региона деятельность по тем же направлениям, что и управления ФТС.
В региональном таможенном управлении образуется коллегия в составе начальника регионального таможенного управления, заместителей начальника (по должности), а также руководящих работников регионального таможенного управления, таможен и таможенных постов. Состав коллегии РТУ утверждается, кроме лиц, входящих в ее состав по должности, Федеральной таможенной службой по представлению начальника регионального таможенного управления.
Наряду с региональными таможенными управлениями в системе таможенных органов могут создаваться по решению руководителя ФТС специализированные региональные таможенные управления. Эти управления призваны решать задачи, общие для всех таможенных органов, но не входящие в состав центрального аппарата ФТС. К числу специализированных региональных таможенных управлений относятся: региональное таможенное управление по материально-техническому обеспечению таможенных учреждений Российской Федерации, оперативно-поисковые, радиоэлектронной безопасности объектов таможенной инфраструктуры, специальных операций.