Уголовно-исполнительная система (УИС) включает: федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный в области исполнения наказаний, — ФСИН России; территориальные органы уголовно-исполнительной системы; учреждения, исполняющие наказания; следственные изоляторы, предприятия, специально созданные для обеспечения деятельности уголовно-исполнительной системы, научно-исследовательские, проектные, лечебные, учебные и иные учреждения — могут входить в эту систему по решению Правительства РФ.
Федеральная служба исполнения наказаний (ФСИН России) как центральный аппарат управления уголовно-исполнительной системой подведомственна Минюсту России. Положение о ФСИН России и предельная численность работников центрального аппарата утверждаются Президентом РФ.
ФСИН России возглавляет Директор, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Президентом РФ по представлению Председателя Правительства РФ. Директор имеет заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности, а также определяемых по количеству Президентом РФ.
Назначение на должности высшего начальствующего состава сотрудников уголовно-исполнительной системы и освобождение от указанных должностей осуществляются Президентом РФ по представлению Минюста РФ, если иное не установлено федеральным законом.
ФСИН России является юридическим лицом, имеет печать с изображением Государственного герба Российской Федерации и со своим наименованием, иные печати, штампы и бланки установленного образца, счета, а также геральдический знак — эмблему, флаг и знамена, учреждаемые Президентом РФ.
Территориальные органы уголовно-исполнительной системы (УИС) создаются ФСИН России на территориях субъектов РФ и осуществляют руководство подведомственными учреждениями, исполняющими наказания, а также специальными подразделениями уголовно-исполнительной системы по конвоированию.
Охрана объектов уголовно-исполнительной системы, предназначенных для содержания и труда осужденных, и других объектов уголовно-исполнительной системы осуществляется специальными подразделениями уголовно-исполнительной системы, создаваемыми для этих целей при учреждениях, исполняющих наказания.
Конвоирование осужденных и заключенных, содержащихся в учреждениях, исполняющих наказания, и следственных изоляторах уголовно-исполнительной системы осуществляется полицией, а также специальными подразделениями уголовно-исполнительной системы по конвоированию по плановым маршрутам, установленным соответствующим перечнем. Конвоирование подсудимых на судебные заседания Верховного Суда РФ осуществляется внутренними войсками Министерства внутренних дел РФ.
При территориальных органах УИС могут создаваться специальные подразделения для обеспечения безопасности объектов уголовно-исполнительной системы, а также органов Минюста России. Порядок деятельности этих подразделений устанавливается Министром юстиции Российской Федерации.
Учреждения, исполняющие наказания (ст. 16 УИК РФ): уголовно-исполнительные инспекции; исправительные центры; арестные дома; колонии-поселения; воспитательные колонии; лечебные исправительные учреждения; исправительные колонии общего, строгого или особого режима; тюрьмы, следственные изоляторы; дисциплинарные воинские части; гауптвахты.
Решения о создании и ликвидации учреждений, исполняющих наказания, принимает Правительство РФ по согласованию с органами исполнительной власти субъектов РФ.
По состоянию на 1 января 2013 г. в учреждениях УИС содержалось 741,6 тыс. человек, в том числе: в 755 исправительных колониях — 623,5 тыс. человек, в 230 следственных изоляторах и 165 помещениях, функционирующих в режиме следственных изоляторов при колониях, содержалось — 114,3 тыс. человек, в 7 тюрьмах — 900 человек, в 46 воспитательных колониях для несовершеннолетних — 2,7 тыс. человек. При этом в учреждениях содержалось 60 тыс. женщин (50 тыс. чел. в ИК, 10 тыс. чел. под мерой пресечения в виде заключения под стражу), при женских колониях имеется 13 домов ребенка. В 2459 уголовно-исполнительных инспекциях состояло на учете на приведенную дату 471,8 тыс. чел., осужденных к наказаниям, не связанным с лишением свободы.