Согласно Уставу, были предусмотрены коллегиальные военные суды (кригсрехты) трех видов: высший (генеральный кригсрехт), низший (полковой кригсрехт), скорорешительный суд — для условий военного времени в случаях, не терпящих отлагательства. Он был правомочен рассматривать все дела, подсудные полковому суду.
Руководство военными и военно-морскими судами (учреждены в 1720 г.) первоначально осуществляли главные военно-административные органы — Военная (Сухопутная) и Адмиралтейская коллегии, а в дальнейшем — их структурные подразделения, части, которые не единожды императорскими указами переименовывались. Судебную компетенцию этих высших военно-судебных учреждений составляли основные полномочия — конфирмация приговоров (утверждение приговоров, с правом изменения их сути), кассационное производство, надзорная деятельность.
Правомочием действовать в качестве суда первой инстанции они не наделялись.
В 1867 г. в контексте знаменитых реформ Александра II был принят Военно-судебный устав, в соответствии с которым стала создаваться новая военно-судебная система. В нее входили полковые суды, военно-окружные суды и Главный военный суд с двумя его отделениями — в Сибири и на Кавказе.
Устав определил, что судебная власть в военном ведомстве принадлежит указанным судам, которые должны были действовать как установления коллегиальные. Полковые и военно-окружные суды являлись судами первой инстанции и рассматривали дела по существу. Главный военный суд был судом второй инстанции, решал дела по кассационным жалобам и протестам прокуроров. Он также должен был наблюдать за «охранением точной силы закона и за единообразным его исполнением военными судами». Судьи полковых судов назначались командиром полка из числа офицеров (председатель на один год, члены — на 6 месяцев).
Военно-окружные суды состояли из постоянных и временных членов. Судьи военно-окружных судов и Главного военного суда должны быть офицерами и иметь юридическое образование. Подбирались они военным министром и назначались приказом царя.
Суд присяжных, учрежденный в системе общих судов, в армии не вводился.
Данная система военных судов просуществовала до 1917 г.
Военные суды в России строились обособленно от общих судов и были в фактическом подчинении у военного начальства. Военный министр осуществлял общий надзор за военными судами и должностными лицами военно-судебного ведомства. Военные власти имели право наказывать в дисциплинарном порядке военных судей, военных прокуроров и следователей за упущения и проступки по службе, «не касающиеся нарушения судейских обязанностей» (ст. ст. 167, 188 Военно-судебного устава).
Полковой командир имел право осуществлять надзор над производством в полковом суде и разрешал жалобы на его действия и решения, а также утверждал приговоры суда.
Декретом Совета Народных Комиссаров РСФСР от 24 ноября 1917 г. № 1 «О суде» в стране были упразднены все общие судебные установления, действовавшие до дня его издания, в том числе «военные и морские суды всех наименований», а взамен их были созданы местные суды и революционные трибуналы, в которых подлежали рассмотрению и дела в отношении военнослужащих. Создание специальных судов для Вооруженных Сил не предусматривалось, поскольку в первое время Народный комиссариат юстиции твердо проводил линию на осуществление идеи единого народного суда, и попытки создания военных судов не находили поддержки.