Военные суды в своей деятельности руководствуются, исходя из единства судебной системы, конституционными принципами и правилами судопроизводства, установленными для всех федеральных судов общей юрисдикции РФ, положениями Конституции РФ, федеральных конституционных законов, федеральных законов, общепризнанных принципов международного права и международных договоров РФ, а также конституций (уставов) и других законов субъектов РФ.

Военные суды выносят решения и приговоры именем Российской Федерации.

Вступившие в законную силу решения, приговоры, определения и постановления военных судов, а также их законные распоряжения, требования, поручения, вызовы и другие обращения, как и других судов общей юрисдикции, являются обязательными для всех без исключения органов государственной власти, органов местного самоуправления, органов военного управления, общественных объединений, должностных лиц, других физических и юридических лиц и подлежат неукоснительному исполнению на всей территории РФ.

Необходимость существования военных судов наряду с другими судами общей юрисдикции обусловлена прежде всего тем, что они призваны осуществлять судебную власть в Вооруженных Силах РФ, других войсках, воинских формированиях и органах, в которых законодательством РФ предусмотрена военная служба, т.е. войсках, формированиях и органах, важнейшей обязанностью которых является обеспечение независимости и безопасности Российской Федерации как государства.

Другие войска, органы и формирования — внутренние войска, пограничные войска, войска гражданской обороны (МЧС), инженерно-технические и дорожно-строительные воинские формирования при федеральных органах исполнительной власти, Служба внешней разведки РФ, органы федеральной службы безопасности, федеральные органы государственной охраны (ст. 1 Закона РФ «Об обороне»).

Осуществление правосудия в войсках требует хорошего знания жизни и деятельности войск. Военные суды и их судьи должны быть готовы действовать в соответствии с необходимостью в условиях чрезвычайных обстоятельств, в том числе в боевой обстановке. Другие суды общей юрисдикции никоим образом не связаны с воинскими частями и не могут в должной мере учитывать специфику их задач, организации и деятельности.

В ходе проходящих в России преобразований, направленных на построение правового государства, утверждение независимой судебной власти рассматривалось как ключевой аспект, поэтому первостепенная роль отводилась правовым институтам, закрепляющим эти гарантии.

Этот вопрос встал наиболее остро применительно к военным судам, поскольку они действовали в специфических условиях Вооруженных Сил и других войск, организационно были привязаны к армейским и флотским структурам, имели специальную подсудность. Многие проблемы были решены с принятием ФКЗ «О военных судах Российской Федерации», который был в числе первых федеральных конституционных законов, принятых в постсоветской России по вопросам судебной реформы. С его принятием на законодательном уровне завершились реорганизация военно-судебной системы Российской Федерации и создание самостоятельных и независимых от органов исполнительной власти, и в первую очередь от органов военного управления, судов, способных быть гарантом законности и справедливости в Вооруженных Силах, других войсках, воинских формированиях, органах, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба.