В ходе конституционной реформы начала 1990-х годов «второстепенное» положение автономного округа несколько изменилось. В соответствии с п. 19 ч. I Закона РСФСР от 15 декабря 1990 г. № 423-1 «Об изменениях и дополнениях Конституции (Основного Закона) РСФСР» в ст. 83 Конституции РСФСР было закреплено, что автономный округ «находится в составе РСФСР и может входить в край или область». Таким образом, автономные округа получили возможность сами решить вопрос: непосредственно входить в состав РСФСР или же «находиться» в составе края, области. Диспозитивную норму Основного Закона использовал Чукотский АО, который, согласно Закону от 17 июня 1992 г., выделился из состава Магаданской области.

Остальные автономные округа остались в составе краев и областей Российской Федерации. Хотя были предприняты попытки изменить политико-правовой статус: так, находящийся в составе Тюменской области Ямало-Ненецкий АО в октябре 1990 г., т.е. за месяц до принятия вышеназванного Закона на II сессии окружного Совета народных депутатов в Салехарде провозгласил себя республикой и принял декларацию о суверенитете. Несмотря на неконституционность и незаконность данного решения, Верховный Совет РСФСР оставил его без внимания. Подобной же была реакция Верховного Совета РСФСР на принятое Советом народных депутатов Ханты-Мансийского АО заявление о необходимости его выделения из состава Тюменской области и провозглашения равноправным субъектом Российской Федерации. Примечательно, что в этот же период было принято положение о статусе Тюменской области, в котором определялись полномочия области как единого субъекта. Если развитие автономного округа было направлено на самостоятельность и признание его равноправным членом Российской Федерации, то стремление органов государственной власти области было направлено на сохранение единства Тюменской области.

Эти политические устремления были учтены при оформлении Федеративного договора 1992 г. Автономные округа, входящие в состав областей, краев, а также эти края и области получили право подписать Федеративный договор самостоятельно, независимо друг от друга, как равноправные субъекты Российской Федерации (АО получил статус субъекта Федерации и стал равноправным с областью, краем). Но вместе с тем в этом Договоре было указано, что «органы государственной власти автономных округов в составе Российской Федерации осуществляют собственное правовое регулирование в пределах своей компетенции в соответствии с основами законодательства, кодексами, законами Российской Федерации, договорами с краями, областями, в которые входят автономные округа» (ст. 2 п. 2), т.е. был учтен и областной (краевой) интерес. Такой же подход сохранился в Конституции РФ 1993 г.

В настоящее время Ненецкий автономный округ входит в состав Архангельской области, а Ханты-Мансийский автономный округ — Югра и Ямало-Ненецкий автономный округ входят в состав Тюменской области.

Исходными для понимания конституционно-правового статуса автономных округов являются следующие положения Конституции РФ:

1. Автономный округ — субъект Российской Федерации, элемент ее федеративного устройства (ст. 5). Все субъекты Федерации равноправны между собой во взаимоотношениях с федеральными органами государственной власти (ч. 4 ст. 5). Значит, нет особых приоритетов в отношениях с центром ни у края, области, куда входит автономный округ, ни у самого округа.