Для решения основных задач Счетная палата осуществляет внешний государственный финансовый контроль в сфере бюджетных правоотношений, экспертизу проектов федеральных законов о федеральном бюджете и бюджетах государственных внебюджетных фондов Российской Федерации. Заключения Счетной палаты в таких условиях являются изложением определенной позиции по рассматриваемому вопросу и учитываются Федеральным Собранием при рассмотрении законопроектов о введении или отмене налогов, освобождении от их уплаты, о выпуске государственных займов, об изменении финансовых обязательств государства, которые могут быть внесены только при наличии заключения Правительства РФ (ч. 3 ст. 104 Конституции РФ).

Выявив в ходе осуществления контрольных мероприятий отклонения от установленных показателей федерального бюджета и бюджетов федеральных внебюджетных фондов, Счетная палата представляет Федеральному Собранию предложения по их устранению, совершенствованию бюджетного процесса в целом.

Важным направлением деятельности Счетной палаты является контроль за законностью и своевременностью движения средств федерального бюджета и средств федеральных внебюджетных фондов в Центральном банке РФ, уполномоченных банках и иных финансово-кредитных учреждениях. Исходя из поставленных перед ней задач Счетная палата осуществляет контрольно-ревизионную, экспертно-аналитическую, информационную и иные виды деятельности, обеспечивая систему контроля за исполнением федерального бюджета и бюджетов федеральных внебюджетных фондов, а также дает оценку эффективности формирования, управления и распоряжения федеральными ресурсами в целях обеспечения безопасности и социально-экономического развития страны.

Согласно ч. 2 ст. 80 Конституции РФ Президент в установленном Конституцией порядке обеспечивает согласованное функционирование и взаимодействие органов государственной власти. Но он не может использовать согласительные процедуры для разрешения разногласий между Федеральным Собранием и Правительством РФ по вопросам осуществления контроля за исполнением федерального бюджета, так как парламент в системе разделения властей является одним из центров выработки политики, выражаемой в законах.

Согласно Федеральному конституционному закону от 17 декабря 1997 г. № 2-ФКЗ «О Правительстве Российской Федерации» Правительство РФ разрабатывает и представляет Государственной Думе федеральный бюджет, обеспечивает его исполнение и представляет Государственной Думе отчет об исполнении федерального бюджета. Счетная палата РФ готовит ежеквартальные оперативные доклады о ходе исполнения федерального бюджета в текущем финансовом году.

Контроль за исполнением федерального бюджета, осуществляемый Главным управлением федерального казначейства, другими федеральными органами исполнительной власти в рамках внутреннего обеспечения исполнения федерального бюджета Правительством РФ, не имеет характера конституционного надзора за его исполнением, который осуществляет Счетная палата.

Статья 157 Бюджетного кодекса РФ 1 наряду со Счетной палатой выделяет также иные органы государственного финансового контроля: контрольно-счетные органы субъектов Федерации и муниципальных образований, Федеральное казначейство, органы государственного финансового контроля, являющиеся органами исполнительной власти субъектов Федерации. Осуществлением функций государственного финансового контроля занимаются также Центральный банк РФ и его контрольно-ревизионное управление, Министерство финансов РФ и его контрольно-ревизионное управление, налоговые органы. Названные органы финансового контроля защищают прежде всего имущественные интересы Российской Федерации и ее субъектов. Образование и функционирование Счетной палаты со всей очевидностью показали необходимость реформирования органов финансового контроля, сокращения их числа, повышения роли парламентского контроля за деятельностью федеральных органов исполнительной власти.