— медико-санитарное обеспечение осужденных и лиц, содержащихся под стражей, федеральный государственный санитарно-эпидемиологический надзор, а также применение к осужденным принудительных мер медицинского характера и обязательного лечения;

— подготовку материалов о нежелательности пребывания (проживания) в Российской Федерации иностранных граждан и лиц без гражданства, освобождаемых из мест лишения свободы, для представления в Министерство юстиции РФ;

— функции по федеральному государственному надзору в области промышленной безопасности в отношении опасных производственных объектов уголовно-исполнительной системы в порядке, установленном Правительством РФ;

— функции государственного заказчика государственного оборонного заказа, кроме отнесенных к компетенции Рособоронпоставки функций по размещению заказов, заключению, оплате, контролю и учету выполнения государственных контрактов по всей номенклатуре вооружения, военной, специальной техники и материальных средств, за исключением специальной техники и материальных средств, номенклатуру которых утверждает директор Федеральной службы исполнения наказаний;

— пенсионное обеспечение лиц, уволенных со службы из уголовно-исполнительной системы, а также членов их семей;

— материально-техническое обеспечение деятельности учреждений и органов уголовно-исполнительной системы, предприятий учреждений, исполняющих наказания, а также иных предприятий, учреждений и организаций, специально созданных для обеспечения деятельности уголовно-исполнительной системы;

— ведомственную экспертизу обоснования инвестиций в строительство, проектной документации на реконструкцию и строительство объектов уголовно-исполнительной системы, а также на капитальный ремонт зданий и сооружений;

— полномочия собственника в отношении федерального имущества, переданного учреждениям и органам уголовно-исполнительной системы, предприятиям учреждений, исполняющих наказания, а также иным предприятиям, учреждениям и организациям, специально созданным для обеспечения деятельности уголовно-исполнительной системы, в соответствии с законодательством Российской Федерации;

— контроль деятельности учреждений и органов уголовно-исполнительной системы, а также контроль за соблюдением законности и обеспечением прав осужденных, лиц, содержащихся под стражей, и лиц, к которым применена мера пресечения в виде домашнего ареста;

— охрану учреждений и органов уголовно-исполнительной системы, осужденных и лиц, содержащихся под стражей;

— охрану психиатрических больниц (стационаров) специализированного типа с интенсивным наблюдением Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию, обеспечение безопасности находящихся на их территориях лиц, сопровождение и охрану лиц, которым назначено принудительное лечение в указанных больницах (стационарах), при переводе их в другие аналогичные больницы (стационары), а также в случае направления их в иные учреждения здравоохранения для оказания медицинской помощи;

— организацию в пределах своей компетенции специальных перевозок осужденных и лиц, содержащихся под стражей, их конвоирование и охрану на период конвоирования;

— разработку и реализацию мер по обеспечению пожарной безопасности, предупреждению и тушению пожаров на объектах учреждений, организаций и органов уголовно-исполнительной системы;

— меры по обеспечению мобилизационной подготовки и мобилизации, а также по проведению мероприятий гражданской обороны, повышению устойчивости работы Федеральной службой исполнения наказаний РФ, ее территориальных органов, учреждений, исполняющих наказания, и следственных изоляторов в условиях военного времени и при возникновении чрезвычайных ситуаций в мирное время;