4) проверять законность содержания осужденных, арестованных и задержанных военнослужащих на гауптвахтах, в дисциплинарных частях и других местах их содержания, немедленно освобождать незаконно содержащихся там лиц;

5) требовать обеспечения охраны, содержания и конвоирования лиц, находящихся на гауптвахтах, в иных местах содержания задержанных и заключенных под стражу, соответственно воинскими частями, военной полицией Вооруженных Сил РФ, караулами по конвоированию внутренних войск МВД РФ, органами и учреждениями внутренних дел РФ.

Как уже отмечалось, образовывать, реорганизовывать и ликвидировать органы военной прокуратуры, определять их статус, компетенцию, структуру и штаты может только Генеральный прокурор РФ. Его приказы по этим вопросам реализуются в соответствии с директивами Генерального штаба Вооруженных Сил РФ, командования других войск, воинских формирований и органов.

Все иные организационно-штатные вопросы военных прокуратур решаются Главным военным прокурором совместно с Генеральным штабом Вооруженных Сил РФ, командованием других войск, воинских формирований и органов в пределах установленной Генеральным прокурором РФ штатной численности.

У Главного военного прокурора есть первые заместители и заместители. В Главной военной прокуратуре действует коллегия, председателем которой является Главный военный прокурор. В состав коллегии также входят назначаемые Главным военным прокурором прокурорские работники, а также должностные лица прокуратуры в связи с занимаемой ими должностью. По должности в состав коллегии входят первый заместитель и заместители Главного военного прокурора. Персональный же состав коллегии по представлению Главного военного прокурора утверждается Генеральным прокурором РФ.

Главная военная прокуратура состоит из управлений, отделов (самостоятельных и в составе управлений), канцелярии и приемной. Возглавляют управления и самостоятельные отделы начальники, они же являются старшими помощниками, а их заместители, начальники отделов в составе управлений, канцелярии и приемной — помощниками Главного военного прокурора. Кроме того, в Главной военной прокуратуре имеются должности старших прокуроров и прокуроров. У Главного военного прокурора имеются старшие помощники по особым поручениям, статус которых соответствует статусу начальников управлений, и помощники по особым поручениям, статус которых соответствует статусу заместителей начальников управлений.

Военные прокуроры — руководители прокуратур, за исключением Главного военного прокурора, а также заместители Главного военного прокурора, начальники управлений и отделов Главной военной прокуратуры и их заместители, а также заместители прокуроров военных округов, флотов, приравненных к ним прокуроров, назначаются на должность и освобождаются от должности Генеральным прокурором РФ. Главный военный прокурор, как заместитель Генерального прокурора РФ, назначается на должность и освобождается от должности Советом Федерации Федерального Собрания РФ по представлению Президента РФ, основанному на представлении Генерального прокурора РФ.

Старшие прокуроры и прокуроры Главной военной прокуратуры назначаются на должность и освобождаются от должности самим Главным военным прокурором. Полномочиями назначать на аналогичные должности прокуроров в аппаратах своих и нижестоящих прокуратур наделены прокуроры военных округов, флотов, а также в приравненные к ним прокуроры.