Любая проверка сообщения о факте правонарушения, совершенного прокурором, является исключительной компетенцией органов прокуратуры. Проверка сообщения о преступлении, совершенном прокурором, возбуждение в отношении прокурора уголовного дела (за исключением случаев, когда прокурор застигнут при совершении преступления) и его предварительное расследование производятся Следственным комитетом РФ в порядке, установленном УПК.

Так, уголовное дело в отношении прокурора района, города, приравненных к ним прокуроров может быть возбуждено либо вынесено постановление о привлечении его в качестве обвиняемого, если уголовное дело было возбуждено в отношении других лиц или по факту совершения деяния, содержащего признаки преступления, только руководителем следственного органа Следственного комитета РФ по субъекту Российской Федерации; в отношении вышестоящих прокуроров — Председателем Следственного комитета РФ или его заместителем; а в отношении Генерального прокурора РФ — Председателем Следственного комитета РФ на основании заключения коллегии, состоящей из трех судей Верховного Суда РФ, принятого по представлению Президента РФ, о наличии в действиях Генерального прокурора РФ признаков преступления (п. п. 2 и 10 ч. 1 ст. 448 УПК).

Предварительное следствие и дознание в общем порядке (в сокращенной форме) по такого рода уголовным делам вправе осуществлять лишь следователи Следственного комитета РФ. Органы дознания вправе производить неотложные следственные действия по рассматриваемой категории преступлений только до возбуждения уголовного дела, соответственно, лишь осматривать место происшествия, предметы, документы, труп, получать образцы для сравнительного исследования, назначать судебную экспертизу, получать заключение эксперта в разумный срок и (или) производить освидетельствование, когда прокурор застигнут при совершении преступления.

Еще одной гарантией независимости прокуроров является то обстоятельство, что даже отстраненному на период расследования возбужденного в отношении его уголовного дела прокурору выплачивается денежное содержание (денежное довольствие) в размере должностного оклада, доплаты за классный чин (оклада по воинскому званию) и доплаты (надбавки) выслугу лет.

Должностные оклады прокурорским работникам устанавливаются Правительством РФ по представлению Генерального прокурора РФ в процентном отношении к должностному окладу первого заместителя Генерального прокурора РФ, который составляет 80% должностного оклада Председателя Верховного Суда РФ. Денежное вознаграждение Генеральному прокурору РФ устанавливается Президентом РФ.

Причем денежное содержание прокурорских работников состоит не только из должностного оклада, но и из доплат за классный чин, за выслугу лет, за особые условия службы (в размере 175% должностного оклада), за сложность, напряженность и высокие достижения в службе (в размере до 50% должностного оклада); процентных надбавок за ученую степень и ученое звание по специальности, соответствующей должностным обязанностям, за почетное звание «Заслуженный юрист Российской Федерации»; премий по итогам службы за квартал и год; других выплат, предусмотренных законодательными и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации. К тому же для лиц, замещающих отдельные должности прокурорских работников в органах прокуратуры, устанавливается ежемесячное денежное поощрение. Президентом РФ для лиц, замещающих отдельные государственные должности Российской Федерации или должности федеральной государственной гражданской службы в Генеральной прокуратуре РФ, может устанавливаться дополнительное ежемесячное денежное поощрение.