Полномочиями руководителя следственного органа не наделен руководитель следственной или следственно-оперативной группы, которая является одним (а не несколькими) органом предварительного расследования. Такой руководитель, согласно закону, не обладает полномочиями руководителя следственного органа, несмотря на то что и он в определенной степени занимается контролем над деятельностью входящих в такое организационное образование следователей. Этот субъект уголовного процесса обычно наделен статусом руководителя следственной группы.

Правовому статусу руководителя следственного органа посвящена ст. 39 УПК. Согласно закрепленным в ней и некоторых иных статьях УПК правовым положениям, руководитель следственного органа уполномочен:

1) по ходатайству подчиненного ему следователя продлять срок производимой последним проверки заявления (сообщения) о преступлении до 10 суток, а при необходимости проведения документальных проверок, ревизий, судебных экспертиз, исследований документов, предметов, трупов, а также проведения оперативно-розыскных мероприятий — до 30 суток с обязательным указанием на конкретные, фактические обстоятельства, послужившие основанием для такого продления (ч. 3 ст. 144 УПК);

2) поручать производство предварительного следствия подчиненному следователю либо нескольким, входящим в штат возглавляемого им следственного подразделения следователям, а также изымать уголовное дело у такого следователя и передавать его другому следователю с обязательным указанием оснований такой передачи, создавать следственную группу, изменять ее состав либо принимать уголовное дело к своему производству;

3) проверять материалы уголовного дела или материалы уголовного дела, отменять незаконные или необоснованные постановления подчиненного ему по службе следователя;

4) отменять по находящимся в производстве подчиненного следственного органа уголовным делам незаконные или необоснованные постановления руководителя, следователя (дознавателя и др.) другого органа предварительного расследования;

5) давать соответствующему следователю указания о направлении расследования, производстве отдельных следственных действий, привлечении лица в качестве обвиняемого, об избрании в отношении подозреваемого, обвиняемого меры пресечения, о квалификации преступления и об объеме обвинения, лично рассматривать сообщения о преступлении, участвовать в проверке сообщения о преступлении;

6) давать согласие подчиненному ему следователю на возбуждение перед судом ходатайства об избрании, о продлении, об отмене или изменении меры пресечения либо о производстве иного процессуального действия, которое допускается на основании судебного решения, лично допрашивать подозреваемого, обвиняемого без принятия уголовного дела к своему производству при рассмотрении вопроса о даче согласия следователю на возбуждение перед судом указанного ходатайства;

7) разрешать отводы, заявленные такому следователю, а также его самоотводы;

8) отстранять подчиненного ему по службе следователя от дальнейшего производства предварительного расследования, если им допущено нарушение требований УПК;

9) отменять незаконные или необоснованные постановления нижестоящего руководителя следственного органа в порядке, установленном УПК;

10) продлевать срок предварительного расследования;

11) утверждать постановление подчиненного ему следователя о прекращении производства по уголовному делу, а также об осуществлении государственной защиты;