Наиболее полно судебная система оформилась в соответствии с положениями Соборного уложения 1649 г. Одним из основных звеньев судебной системы стали Разбойный приказ и приказы со специальной подсудностью (Стрелецкий, Пушкарский и др.).

Розыск и задержание правонарушителей в этот исторический период перестают быть частным делом и возлагаются на государевых слуг. Идет трансформация отечественного уголовного процесса от частно-искового к розыскному. Создается институт тайного сыска, основанного на доносах о государственных преступлениях. Донос становится основанием для начала уголовного преследования лица.

Основным доказательством вины лица, подозреваемого в совершении преступления, стало его личное признание. С целью удостоверения результатов обыска или оформления изъятия украденного имущества стали привлекаться понятые. Существенно расширился перечень следственных действий, проводимых на досудебной стадии уголовного процесса, за счет введения повальных обысков, очных ставок и пыток. В целом в этот исторический период порядок уголовного судопроизводства отличался процессуальной сложностью и противоречивостью, создающей основу для злоупотреблений и произвола.

Дальнейшее усиление розыскного начала отечественного уголовного судопроизводства происходит в XVIII — первой половине XIX в. Несмотря на усложнение судебной системы, на практике большинство уголовных дел разрешались губернатором и его канцелярией без ограничений подсудности. Деятельность суда была фактически заменена розыском. Основным поводом к началу уголовного преследования оставался донос, а процесс доказывания заменялся пытками и признанием вины. По тяжким «поджигательским, воровским, разбойным и убийственным делам» в качестве доказательств дополнительно применялись повальный обыск и свидетельские показания.

Система уголовного судопроизводства в определенной степени была реформирована в период правления Екатерины II. Происходит разделение суда и розыска, а расследование преступлений полностью передается органам полиции. В то же время по малозначительным преступлениям полиция могла выполнять и судебные функции. В целом же вплоть до Судебной реформы 1864 г. уголовное судопроизводство в России строилось по типу классического инквизиционного процесса. Основное место занимало предварительное расследование, а судебное разбирательство было письменным, негласным и несостязательным и лишь дополняющим расследование. В основе доказывания лежала теория формальных доказательств.

Существенные изменения отечественное уголовное судопроизводство претерпело вследствие судебной реформы Александра II. 20 ноября 1864 г. был утвержден Устав уголовного судопроизводства, действовавший 53 года вплоть до 1917 г.

Устав уголовного судопроизводства, с одной стороны, вобрал в себя весь позитивный процессуальный опыт, накопленный в России к середине XIX в., с другой — создал нормативные основания для формирования принципиально новой модели уголовного судопроизводства. Следствием реформы российского уголовного процесса стало разделение функции отправления правосудия и функции уголовного преследования. В уголовное судопроизводство был введен принцип материальной истины, а розыскное предварительное расследование стало успешно сочетаться с состязательным судебным разбирательством. Суд должен был оценивать доказательства свободно по совести и по внутреннему убеждению, а судебное разбирательство стало устным, гласным и непосредственным.